Peamine erinevus kongeneri ja isomeeri vahel on see, et analoog viitab keemilistele ühenditele, millel on sarnased struktuurid ja sarnased omadused. Vahepeal viitab isomeer molekulidele, millel on sama keemiline valem, kuid erinevad struktuurid.
Mõisted kongener ja isomeer viitavad ühendite rühmadele, mis on rühmitatud nende sarnasuse järgi. Terminil analoog võib olla erinev määratlus, kuid keemias kasutame enamasti määratlust, et olekusegud on keemilised ühendid, millel on sarnased struktuurid ja sarnased omadused. Isomeerid on seevastu erineva struktuuriga, kuid aatomkoostisega sarnased ühendid; seega on neil ka erinevad omadused.
