Peamine erinevus prokarüootide ja eukarüootide geneetilise materjali vahel on see, et prokarüootide geneetiline materjal hõljub tsütoplasmas, kuna neil pole tuuma, samas kui eukarüootide geneetiline materjal elab tuumas. Teine oluline erinevus on see, et prokarüootidel on väike genoom ja need sisaldavad plasmiide. Neil on ka suur keerdunud kaheahelaline ümmargune kromosoom, samas kui eukarüootidel on suurem genoom ja neil ei ole plasmiide.
Prokarüootid ja eukarüoodid on kahte tüüpi organisme. Bakterid ja arheed on prokarüootid. Prokarüootidel on lihtne rakuline organisatsioon. Neil puudub tuum ja tõelised organellid. Teiselt poolt on eukarüootidel keeruline rakuline organisatsioon koos membraaniga seotud tuuma ja tõeliste organellidega. Seened, protistid, taimed ja loomad on eukarüoodid.
