Peamine erinevus eukarüootsete ja prokarüootsete organismide vahel on see, et eukarüootsetel organismidel on tõeline tuum ja membraaniga seotud organellid, samas kui prokarüootsetel organismidel puudub tuum ja membraaniga seotud organellid.
Kõik elusorganismid kuuluvad kahte kategooriasse, nimelt prokarüootidesse või eukarüootidesse. Prokarüootsetel organismidel on lihtne rakukorraldus, eukarüootsetel aga keeruline rakukorraldus. Pealegi on prokarüootid üherakulised ning neil puudub tuum ja membraaniga seotud organellid. Teisest küljest on eukarüoodid tavaliselt mitmerakulised ja sisaldavad tõelist tuuma ja membraaniga seotud organelle, nagu kloroplastid, mitokondrid ja endoplasmaatilised retikulumid jne. Prokarüootide hulka kuuluvad bakterid ja Archaea, eukarüootides aga protistid, seened, taimed ja loomad. Peale ülalnimetatud erinevuste on prokarüootide ja eukarüootide vahel rohkem erinevusi. Seetõttu on prokarüootse ja eukarüootse organismi erinevuste mõistmine väga oluline. Selle artikli eesmärk on arutada erinevust eukarüootsete ja prokarüootsete organismide vahel.