Peamine erinevus bakterite ja eukarüootide vahel on see, et bakteritel puudub tõeline tuum ja membraaniga seotud organellid, samas kui eukarüootidel on tõeline tuum ja membraaniga seotud organellid.
Rakk on kõigi elusorganismide peamine funktsionaalne ja struktuuriüksus. Sõltuvalt raku põhistruktuurist on organismidel kaks põhikategooriat, nimelt prokarüootid ja eukarüoodid. Prokarüoodid on lihtsarakuliste struktuuridega üherakulised organismid. Nende hulka kuulub kaks peamist rühma; Bakterid ja arheed. Teiselt poolt on eukarüootidel keerukad rakustruktuurid hästi organiseeritud rakkudega. Nende hulka kuuluvad protistid, seened, taimed ja loomad. Kuna nii bakterid kui ka eukarüoodid on elusorganismid, on neil mõned sarnasused, näiteks rakumembraan, ribosoomid, geneetilist teavet kandev DNA jne. Kuna aga bakterid on prokarüoodid, näitavad bakterid ja eukarüoodid eukarüootidega palju struktuurilisi ja funktsionaalseid erinevusi. Selle artikli eesmärk on tuua välja erinevus bakterite ja eukarüootide vahel.
