Peamine erinevus motiivi ja domeeni vahel on see, et motiiv ei ole iseseisvalt stabiilne, samas kui domeen on iseseisvalt stabiilne.
Valgud on meie kehas olulised bioloogilised makromolekulid. Teiselt poolt otsustab valgu aminohappelise järjestuse geeni geneetiline kood. Pealegi on valkudel primaarne, sekundaarne ja tertsiaarne struktuur. Esmane struktuur on polüpeptiidahela aminohappeline järjestus. Kui polüpeptiidahelad üksteisega kokku klappivad, moodustab see valgu sekundaarse struktuuri. Alfa-heeliksid, beeta-lehed ja sekundaarsed struktuurid kuuluvad sekundaarsete struktuuride hulka. Teatud sekundaarsete elementide rühmitused on tuntud kui valgumotiivid. Valgu tertsiaarstruktuur viitab selle kolmemõõtmelisele struktuurile, mis otsustab valgu funktsiooni. Domeen on valgu molekuli volditud osa, mis on kerajas ja millel on diskreetne funktsioon. See on valgu põhiline funktsionaalne ja kolmemõõtmeline struktuur.
