Peamine erinevus bioloogilise tõrje ja keemilise tõrje vahel on see, et bioloogilises tõrjes kasutatakse kahjuri hävitamiseks elusorganismi, samas kui keemilises tõrjes kasutatakse kahjurite hävitamiseks erinevaid sünteetilisi kemikaale.
Kahjurid on väikesed olendid, mis vigastavad, kahjustavad või tapavad taimi või koduloomi. Lisaks levitavad nad haigusi, põhjustavad majanduslikke kaotusi jne. Kahjurid ründavad erinevaid kultuure ja põhjustavad põllumajanduses suuri kaotusi. Seetõttu on kahjuritõrje keeruline ülesanne ja seda kontrollitakse keemiliste meetodite abil. Kuid kemikaalid ei ole keskkonnasõbralikud. Need põhjustavad nii keskkonnaprobleeme kui ka terviseprobleeme. Seetõttu on teadlased välja töötanud keskkonnasõbralikud ja jätkusuutlikud bioloogilised kahjuritõrjemeetodid. Bioloogilises tõrjes osaleb elusorganism või organismide rühm. Seega on nende mõju keskkonnale vähem. Keemiline kontroll võib kahjustada keskkonda ja põhjustada terviseprobleeme.