Peamine erinevus endogeensete ja eksogeensete antigeenide vahel on see, et endogeenne antigeen tekib rakkudes, samal ajal kui eksogeenne antigeen siseneb kehasse väljastpoolt.
Antigeen on molekul või aine, mis reageerib spetsiifilise immuunvastuse produktile ja stimuleerib antikehade teket. Selle konkreetse molekuli antigeensus on antigeeni võime indutseerida antikehade tootmist. Samuti võivad antigeenid olla kas valk või polüsahhariid. Lisaks vahendavad antigeeni esitlevad rakud (APC), näiteks dendriitrakud, antigeeni omastamise, antigeeni töötlemise ja antigeeni esitlemise protsesse. Veelgi enam, sõltuvalt immuunaktiivsusest võib antigeene klassifitseerida immunogeenideks, tolerogeenideks või allergeenideks. Pealegi võime klassifitseerida antigeenid nende päritolu järgi ka eksogeenseteks või endogeenseteks.
