Peamine erinevus DNA ja kromosoomi vahel on nende struktuuri korraldus. DNA on kaheahelaline mähisega polümeer, mis koosneb deoksüribonukleotiididest, samas kui kromosoom on niiditaoline struktuur, mis koosneb histoonvalkudega tihedalt mähitud DNA molekulidest.
DNA ja kromosoomid on geneetilise materjali struktuuriorganisatsioonide kaks erinevat taset. DNA on lihtsam struktuur, mis koosneb nukleotiidide topeltheeliksist. Seevastu kromosoomid on keerukas, organiseeritud struktuur, mis koosneb spetsiifilisel viisil volditud valgust ja DNA-st. Ehkki DNA ja kromosoom erinevad üksteisest struktuuride korralduse poolest, mängivad mõlemad suurt rolli organismi füüsikaliste ja funktsionaalsete omaduste määramisel ladustatud päriliku materjali põhjal.