Peamine erinevus sinivetikate ja rohevetikate vahel on see, et sinivetikad on prokarüootsed organismid, mis kuuluvad Monera kuningriiki, rohevetikad aga eukarüootsed organismid, mis kuuluvad Kingdom Protistasse.
Fotosüntees on protsess, mida näitavad fotoautotroofid. See on protsess, mis sünteesib süsivesikuid (toiduaineid), püüdes päikesevalgusest energiat. Protsess nõuab fotosünteesivate pigmentide, CO 2 ja vee olemasolu. Fotoautotroofidel on fotosünteesi teostamiseks fotosünteetilised pigmendid. Fotoautotroofe on kolm peamist rühma: taimed, sinivetikad (sinivetikad) ja vetikad (sealhulgas rohevetikad). Seetõttu on nii sinivetikad kui ka rohevetikad fotosünteesivad organismid. Sinivetikad on siiski prokarüootsed organismid, rohevetikad aga eukarüootsed organismid. Vastavalt sellele on sinivetikate ja rohevetikate vahe nende rakulise korralduse ja muude omaduste põhjal.
