Peamine erinevus estri ja eetri vahel on see, et estri funktsionaalrühm on –COO, eetri funktsionaalrühm aga –O-.
Ester ja eeter on hapniku aatomitega orgaanilised molekulid. Estritel on rühm –COO. Siin on üks hapniku aatom seotud süsinikuga kaksiksidemega ja teine hapnik ühe sidemega. Kuna süsinikuaatomiga ühendub ainult kolm aatomit, on selle ümber trigonaalne tasapinnaline geomeetria. Lisaks süsinikuaatom on sp 2 hübridiseerunud. Pealegi on ester karboksüülhappe derivaat. Eetril on seevastu hapniku aatom, millel on kaks üksiksidet kahe alküül- või arüülrühmaga. Hapniku aatomil on ka kaks üksikut elektronipaari.