Peamine erinevus estri ja eetri vahel on see, et estri funktsionaalrühm on -COO, eetri funktsionaalrühm aga -O-.
Ester ja eeter on hapniku aatomitega orgaanilised molekulid. Estritel on rühm -COO. Siin on üks hapniku aatom seotud süsinikuga kaksiksidemega ja teine hapnik ühe sidemega. Kuna süsinikuaatomiga ühendub ainult kolm aatomit, on selle ümber trigonaalne tasapinnaline geomeetria. Lisaks süsinikuaatom on sp 2 hübridiseerunud. Pealegi on ester karboksüülhappe derivaat. Eetril on seevastu hapniku aatom, millel on kaks üksiksidet kahe alküül- või arüülrühmaga. Hapniku aatomil on ka kaks üksikut elektronipaari.
