Peamine erinevus - geeli virnastamine vs eraldav geel
Termineid virnastamisgeel ja eraldusgeel kasutatakse SDS-PAGE tehnika selgitamisel. SDS-PAGE ehk naatriumdodetsüülsulfaat-polüakrüülamiidgeeli elektroforees on laboritehnika, mida kasutatakse valgumolekulide eraldamiseks nende molekulmassi alusel. Tehnika taga on teooria, et erineva molekulmassiga valkudel on erinev migratsioonikiirus; madala molekulmassiga molekulid migreeruvad kiiremini, suure molekulmassiga molekulid aga aeglaselt. Migratsioonisöötmeks on geel. On kahte tüüpi geeli, mida nimetatakse virnastamisgeeliks ja eraldusgeeliks. Peamine erinevus virnastamisgeeli ja eraldusgeeli vahel on see, et virnastusgeeli pH on 6,8, samal ajal kui eraldusgeeli pH on 8,8.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on virnastamisgeel
3. Mis on geeli eraldav
4. Seos geeli virnastamise ja eraldava geeli vahel
5. Võrdlus kõrvuti - geeli virnastamine vs geeli eraldamine tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on virnastamisgeel?
Virnastamisgeel on madala kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse SDS-PAGE tehnikas kontsentreerituma lahutusgeeli (eraldusgeel) ülaosale. Virnastamisgeeli kasutatakse elektroforeesi eraldusvõime parandamiseks. Eraldus suureneb virnastamisgeeli ja lahutusgeeli kontsentratsioonide erinevuse tõttu, mis mõjutab proovi valke. Kuna polüakrüülamiidi kontsentratsioon virnastamisgeelis on madal, on pooride suurus suurem. See aitab suurendada ka eraldatust.
Virnastamisgeel on lahtine polüakrüülamiidgeel, millel on suured poorid, milles on umbes 7% polüakrüülamiidi. Need poorid ei toimi suurte valgumolekulide jaoks märkimisväärse barjäärina. Seega mõjutab see geel nende valkude liikuvust veidi. See muudab eraldamise vastavalt valgu liikuvusele ja suurusele, koondades need kahe geeli vahele.
Joonis 01: SDS-PAGE akrüülamiidgeel
Virnastamisgeeli pH on 6,8. Selle pH on happeline kui geeli lahutamisel 2 pH ühiku võrra. See pH tähendab väiksemat ioontugevust, seega suuremat elektritakistust. See provotseerib valkude liikuvust kui teised geelis olevad laetud osakesed.
Mis on eraldav geel?
SDS-PAGEtechnique'i eraldusgeel või lahutusgeel on väga kontsentreeritud polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse madala kontsentratsiooniga virnastamisgeeli ülaosale. Eraldusgeel sisaldab suures koguses polüakrüülamiidi (10%). Selle geeli pH hoitakse pH = 8,8, mis on kõrgem pH kui virnastamisgeelil.
Joonis 02: geelelektroforeesi seade
Kui valgumolekulid jõuavad eraldusgeeli, aeglustub nende molekulide migratsioon, kuna eraldusgeel on väikese poorisuurusega kõrge kontsentratsiooniga geel, mis võib toimida valgumolekulide liikumise märkimisväärse takistusena. See aeglustumine võimaldab teistel valkudel aeglaselt järele jõuda, mille tulemuseks on kitsa kontsentreeritud riba kahe geeli vahel.
Milline on geeli virnastamise ja geeli eraldamise suhe?
Nii virnastamisgeeli kui ka eraldusgeeli tüüpe kasutatakse samas seadmes
Mis vahe on geeli virnastamisel ja geeli eraldamisel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Geeli virnastamine vs eraldav geel |
|
| Virnastamisgeel on madala kontsentratsiooniga polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse SDS-PAGE tehnikas kontsentreerituma lahutusgeeli (eraldusgeel) ülaosale. | SDS-PAGE tehnika eraldusgeel või lahutusgeel on väga kontsentreeritud polüakrüülamiidgeel, mis asetatakse madala kontsentratsiooniga virnastamisgeeli ülaosale. |
| Paigutamine | |
| Virnastamisgeel asetatakse lahutusgeelile. | Geelelektroforeesiks kasutatava anuma põhjale asetatakse eraldusgeel. |
| Keskendumine | |
| Virnastamisgeeli kontsentratsioon on kõrge. | Eraldusgeeli kontsentratsioon on madal. |
| Polüakrüülamiidi sisaldus | |
| Virnastamisgeel sisaldab umbes 7% polüakrüülamiidi. | Eraldusgeel sisaldab umbes 10% polüakrüülamiidi. |
| pH | |
| Virnastamisgeeli pH on 6,8. | Eraldusgeeli pH on 8,8. |
| Pori suurus | |
| Virnastamisgeelil on suured pooride suurused. | Eraldusgeelil on väikesed pooride suurused. |
| Resolutsioon | |
| Virnastamisgeel annab parema eraldusvõime. | Geeli eraldamine annab halva eraldusvõime. |
Kokkuvõte - geeli virnastamine vs geeli eraldamine
Virnastamisgeel ja eraldusgeel on kahte tüüpi polüakrüülamiidgeele, mida kasutatakse valgu molekulide parema eraldamise saavutamiseks antud proovis. Virnastamisgeeli ja eraldusgeeli erinevus seisneb selles, et virnastusgeeli pH on 6,8, samal ajal kui eraldusgeeli pH on 8,8.
