Peamine erinevus geelfiltreerimise ja geelkromatograafia vahel on see, et geelfiltreerimiskromatograafia liikuv faas on vesilahus, geelfiltreerimiskromatograafia liikuv faas aga orgaaniline lahusti.
Nii geelfiltreerimine kui ka geeli läbitungimiskromatograafia kuuluvad kategooria suurusvälistamise kromatograafia alla, milles saame lahuses olevad molekulid eraldada sõltuvalt nende suurusest. See tähendab, et mõnikord võime molekulid eraldada nende molekulmassi järgi. Tavaliselt kasutame neid tehnikaid selliste kompleksmolekulide eraldamiseks nagu valgud ja tööstuslikus ulatuses polümeermaterjalide eraldamiseks. Peamine erinevus geelfiltreerimise ja geelkromatograafia vahel on liikuvas faasis, mida kasutame igas tehnikas.
