Peamine erinevus geneetilise kauguse ja füüsilise kauguse vahel on jada tüüp, mida kasutatakse sama liigi kahe populatsiooni vahelise kauguse analüüsimisel. Geneetiline kaugus mõõdab liikide või liigi populatsioonide vahelist geneetilist erinevust, füüsiline kaugus aga kahe markeri vaheliste nukleotiidide arvu.
Geneetiline kaugus ja füüsiline kaugus annavad ülevaate liikide kahe populatsiooni evolutsioonilistest suhetest. Seetõttu pakuvad kauguskaardid populatsioonide seostamist geneetiliste andmete põhjal. Genoomide järjestamine ja bioinformaatika analüüs mängivad olulist rolli nii geneetiliste kui ka füüsiliste kauguste määramisel.
