Peamine erinevus geneetilise kaardi ja füüsilise kaardi vahel on genoomide kaardistamisel kasutatavates tehnikates. Geneetilise kaardi genereerimisel kasutatakse geenide sidemismustrite uurimiseks geneetilisi markereid ja geneetilisi lookusi, füüsilises kaardistamises kasutatakse aga molekulaarbioloogia tehnikaid, näiteks Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ja hübridisatsiooni tehnikaid.
Geneetilised kaardid ja füüsikalised kaardid kahte tüüpi kaarte, mis konstrueerivad kromosoomides paiknevaid geene. Need hõlmavad geenidiagnostikat ja genoomianalüüsi evolutsiooni ennustamist. Lisaks analüüsivad nad geenilookuste vahelisi kaugusi ja geenide polümorfisme.
