Peamine erinevus geneetilise sideme ja tasakaalustamatuse vahel seisneb selles, et geneetiline seos on kahe või enama sama kromosoomi geeni kalduvus jääda pärandiprotsessis koos, samas kui seose tasakaalustamatus on alleelide mittesuvaline seos populatsioonis.
Geneetiline seos ja sideme tasakaalustamatus on geneetikas kaks mõistet, mis järgivad mitte-Mendeli pärandit. Geneetiline seos viitab kromosoomis seotuse füüsilisele seisundile. Lihtsamalt öeldes on see protsess, kus geenid asuvad kromosoomis tihedalt, nii et nad päranduvad alati koos sugurakkudeks. Seevastu populatsioonigeneetikas viitab seose tasakaalustamatus alleelide mittesuvandlikule seosele populatsioonis erinevates lookustes. See on kahe leiukoha alleeli konkreetse kombinatsiooni täheldatud sageduse ja juhusliku seose korral eeldatava sageduse vahe.
