Peamine erinevus antigeense ja faasivariatsiooni vahel on see, et antigeenne variatsioon on mehhanism, mis viitab antigeenselt eristuvate valkude, süsivesikute või lipiidide ekspressioonile nende pindadel, faaside varieerumine on aga fenotüübi ekspressiooni pöörduv sisse- ja väljalülitamine.
Antigeenne ja faasiline varieerumine on kahte tüüpi molekulaarseid mehhanisme, mida patogeenid kasutavad peremeesorganismi immuunvastuste vältimiseks. Need on omavahel seotud. Need mehhanismid võimaldavad mikroobidel, eriti bakteritel, kohaneda rohkem kui ühe keskkonnaga. Faaside ja antigeense varieerumise tulemusena moodustub klonaalse bakteripopulatsiooni heterogeenne fenotüüp. Selles populatsioonis ekspresseerivad üksikud rakud faasi varieeruvaid valke või ühte valgu mitmest antigeensest vormist. Need variatsioonid on peamiselt patogeenide poolt teostatavad virulentsusstrateegiad.
