Alfa- ja beeta-heeliksi peamine erinevus sõltub vesiniksidemete tüübist, mida nad nende struktuuride väljatöötamisel moodustavad. Alfa-heeliksid moodustavad molekulisiseseid vesiniksidemeid, beeta-heeliksid aga molekulidevahelisi vesiniksidemeid.
Kompleksvalkudel on neli organisatsioonilist struktuuritaset - esmane, sekundaarne, tertsiaarne ja kvaternaarne. Valkude sekundaarsed struktuurid moodustavad peptiidahelad erinevas orientatsioonis. Peptiidahelad koosnevad peptiidsidemetega seotud aminohapete järjestustest. Seetõttu on valkudel kaks peamist sekundaarset struktuuri nagu alfa- ja beeta-heeliks. Lisaks on ka teisi teiseseid struktuure, mida nimetatakse beeta pöörde- ja juuksenõelastruktuurideks. Peamiselt keskendub see artikkel alfa- ja beeta-heeliksi erinevusele.
