Peamine erinevus molekulaarse dokkimise ja hindamise vahel on see, et dokkimine on meetod, mida kasutatakse kahe molekuli vahelise seondumisafiinsuse määramiseks, samas kui hindamine on konkreetse poosi hindamise protsess, kui loendada soodsate molekulidevaheliste interaktsioonide arv.
Molekulaarse modelleerimise valdkonnas kasutatakse mõisteid molekulaarne dokkimine ja hindamine. Molekulaarne modelleerimine on tehnika, mida kasutatakse erinevate ainete võimalike paigutuste määramiseks antud aines. See tehnika on oluline uute stabiilsete ühendite loomisel.
