Peamine erinevus molekulaarse orbitaalteooria ja hübridisatsiooniteooria vahel on see, et molekulaarorbiidi teooria kirjeldab sidumis- ja sidumisvastaste orbitaalide moodustumist, hübridisatsiooniteooria aga hübriidorbitaalide moodustumist.
Molekulide elektroonilise ja orbiidistruktuuri määramiseks on välja töötatud erinevaid teooriaid. VSEPRi teooria, Lewise teooria, valentssideme teooria, hübridisatsiooni teooria ja molekulaarse orbiidi teooria on sellised olulised teooriad. Nende seas on kõige vastuvõetavam teoreetiline molekulaarborditaal.
