Peamine erinevus - hüüdnime tõlge vs aabitsa laiendus
Märkide tõlkimine ja praimeri pikendamine on kaks olulist tehnikat, mida molekulaarbioloogias läbi viiakse. Peamine erinevus hüüdnime translatsiooni ja praimeri pikendamise vahel on see, et hüüdnime translatsiooniprotsess annab märgistatud sondid teiste hübridisatsioonitehnikate jaoks, samas kui praimeri pikendamise meetod tuvastab segust konkreetse RNA järjestuse ja näitab teavet mRNA ekspressiooni kohta. Mõlemal tehnikal on suur tähtsus ja seda viiakse rutiinselt läbi molekulaarbiirete laborites.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on hüüdnime tõlge
3. mis on aabitsa laiendus
4. kõrvuti võrdlus - hüüdnime tõlge ja aabitsa laiendus
5. Kokkuvõte
Mis on Nicki tõlge?
Hüüdnime translatsioon on oluline meetod, mida kasutatakse märgistatud sondide valmistamiseks mitmesuguste molekulaarbioloogiliste tehnikate jaoks, näiteks blottimine, in situ hübridisatsioon, fluorestsents in situ hübridisatsioon jne. See on in vitro DNA märgistamise meetod. DNA sonde kasutatakse spetsiifiliste DNA või RNA järjestuste tuvastamiseks. Märgistatud sondi abil saab nukleiinhappe komplekssegust märgistada või visualiseerida spetsiifilisi fragmente. Seetõttu valmistatakse märgistatud sondid erinevate tehnikate jaoks kasutatavate erinevate tehnikate abil. Niki tõlkimine on üks selline meetod, mis toodab DNaas 1 ja DNA polümeraas 1 ensüümide abil märgistatud sonde.
Hüüdnime tõlkeprotsess algab DNaas 1 ensüümi aktiivsusega. DNaas 1 viib nukleotiidide vahel fosfodiestersidemete lõhustamisega kaheahelalise DNA fosfaadist selgroosse nikid. Kui hüüdnimi on loodud, saadakse nukleotiidist vaba 3 'OH rühm ja sellele mõjub DNA polümeraas 1 ensüüm. DNA polümeraas 1 5 'kuni 3' eksonukleaasi aktiivsus eemaldab nukleotiidid hüüdnimest DNA ahela 3 'suuna suunas. Samaaegselt töötab DNA polümeraas 1 ensüümi polümeraasi aktiivsus ja lisab eemaldatud nukleotiidid asendama nukleotiide. Kui nukleotiidid märgistati, toimub asendamine märgistatud nukleotiididega ja see tähistab identifitseerimiseks DNA-d. Seda äsja sünteesitud märgistatud DNA-d saab kasutada sondidena erinevates hübridisatsioonireaktsioonides molekulaarbioloogias.
Joonis 01: Nicki tõlkeprotsess
Mis on praimeri laiendus?
Praimeri pikendamine on tehnika, mida kasutatakse RNA segust spetsiifilise RNA järjestuse leidmiseks ja mRNA transkripti 5 'otsa leidmiseks. Seda kasutatakse ka RNA struktuuri ja ekspressiooni uurimiseks. Praimeri pikendamise meetod viiakse läbi märgistatud praimerite või märgistatud nukleotiididega. Kui kasutatakse märgistatud praimereid, välistab see vajaduse märgistada nukleotiidid, mida kasutatakse cDNA sünteesil. Selles tehnikas on mitu sammu. See algab proovist RNA ekstraheerimisega. Seejärel lisatakse segule märgistatud oligonukleotiidpraimer koos vajalike koostisosadega, et sünteesida spetsiifilise RNA järjestuse cDNA. Praimer anniilib segu komplementaarse järjestusega. Kasutades mallina praimeri lõõmutatud järjestust,ensüüm pöördtranskriptaas sünteesib RNA järjestuse komplementaarset DNA-d (cDNA). Praimeri lõõmutamine ja pöördtranskriptsioon toimuvad ainult siis, kui proovis on konkreetne RNA järjestus. Lõpuks saab denatureeriva geelelektroforeesi korral määrata RNA järjestuse suuruse. Samuti on praimeri pikendamise meetodil lihtne leida mRNA (transkriptsiooni algatamise koht) järjestuse +1 alus. Proovis sisalduva mRNA kogust saab selle meetodiga kvantifitseerida, kui kasutatakse praimeri liia. Samuti on praimeri pikendamise meetodil lihtne leida mRNA (transkriptsiooni algatamise koht) järjestuse +1 alus. Proovis sisalduva mRNA kogust saab selle meetodiga kvantifitseerida, kui kasutatakse praimeri liia. Samuti on praimeri pikendamise meetodil lihtne leida mRNA (transkriptsiooni algatamise koht) järjestuse +1 alus. Proovis sisalduva mRNA kogust saab selle meetodiga kvantifitseerida, kui kasutatakse praimeri liia.
Joonis 02: Krundi pikendamine
Mis vahe on Nick Translationil ja Primer Extensionil?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Niki tõlkimine on protsess, mis loob märgistatud DNA sondid erinevate hübridisatsioonireaktsioonide jaoks. | Primer extension on tehnika, mida kasutatakse spetsiifilise RNA leidmiseks või geeniekspressiooni uurimiseks. |
| Kasutatud ensüümid | |
| Kasutatakse DNaas 1 ja DNA polümeraasi ensüüme. | Kasutatakse pöördtranskriptaasi ensüümi. |
| Tähtsus | |
| Niki tõlkimine hõlbustab konkreetse DNA järjestuse märgistamist. | Praimeri pikendamine võimaldab tuvastada spetsiifilise mRNA järjestuse suuruse ja proovis sisalduva koguse. |
Kokkuvõte - hüüdnime tõlge vs aabitsa laiendus
Niki tõlkimine on meetod märgistatud sondide sünteesimiseks, mis põhineb DNaas 1 ja E coli DNA polümeraas 1 ensüümide aktiivsusel. See on in vitro meetod, mida laboratooriumides kasutatakse enne erinevaid hübridisatsioonimeetodeid. Hüüdnime translatsiooni käigus eemaldab DNA polümeraas 1 5'-3 'eksonukleaasi aktiivsus nukleotiidid enne hüüdnime ja DNA polümeraas 1 polümeraasi aktiivsus asendab eemaldatud nukleotiidid nikli taga olevate märgistatud nukleotiididega. Praimeri pikendamine on meetod, mida kasutatakse konkreetse RNA transkripti tuvastamiseks segust ning huvipakkuva RNA suuruse ja koguse kvantifitseerimiseks. See on erinevus hüüdnime tõlkimise ja praimeri pikendamise vahel.
