Peamine erinevus - RAPD vs RFLP
Geneetilisi markereid kasutatakse molekulaarbioloogias üksikisikute ja liikide vaheliste geneetiliste variatsioonide tuvastamiseks. Juhuslik amplifitseeritud polümorfne DNA (RAPD) ja piiratud fragmentide pikkuse polümorfism (RFLP) on kaks olulist molekulaarset markerit, mida laborites tavapäraselt kasutatakse. RAPD viiakse läbi lühikeste ja suvaliste oligonukleotiidpraimeritega ning see põhineb mitme asukoha juhuslikul amplifikatsioonil kogu organismi matriits-DNA-s. RFLP viiakse läbi spetsiifilise restriktsiooni endonukleaasiga ning see põhineb saadud restriktsioonifragmentide ja hübridisatsiooni polümorfismil. Peamine erinevus RAPL-i ja RFLP-i vahel on see, et RAPD on teatud tüüpi PCR-tehnika, mida viiakse läbi ilma eelnevate jadateadmisteta, samas kui RFLP ei ole seotud PCR-iga ja selle tehnika teostamiseks on vaja eelnevaid teadmisi järjestusest.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on RAPD
3. Mis on RFLP
4. Võrdlus kõrvuti - RAPD vs RFLP
5. Kokkuvõte
Mis on RAPD?
RAPD on molekulaarbioloogias kasulik molekulaarne marker. See on kiire ja lihtne tehnika. RAPD-d saab määratleda meetodina, mille tulemuseks on DNA sihtmärgi matriitsi mitme asukoha juhusliku amplifitseerimise tulemusena polümorfsed DNA järjestused. RAPD kasutab PCR-amplifikatsiooniks suvaliste järjestustega lühikesi oligonukleotiidpraimereid. Praimerid sünteesitakse kunstlikult ilma eelneva järjestuse teadmata. Seega peetakse seda lihtsaks ja kasulikuks tehnikaks.
RAPD-ga on seotud järgmised suured sammud.
- Siht-DNA eraldamine
- Siht-DNA mitme asukoha amplifitseerimine juhuslikult valitud praimerite abil
- Amplifitseeritud PCR-toodete geelelektroforees
- Värvimine etiidiumbromiidiga ja polümorfismi tuvastamine
Praimeri lõõmutamise varieerumise tulemusena tekivad amplifikatsiooni käigus erinevad erineva pikkusega fragmendid. Seega on geelidel esinevad ribamustrid üksikisikute ja liikide lõikes erinevad. Seega võimaldab RAPD tuvastada organismide geneetilist varieerumist identifitseerimisel ja diferentseerimisel.
RAPD-d rakendatakse erinevates molekulaarbioloogia uuringutes, näiteks lähedaste liikide vahelise geneetilise erinevuse tuvastamisel, geenide kaardistamisel, DNA sõrmejälgede võtmisel, pärilike haiguste tuvastamisel jne.
Joonis 01: RAPD
Mis on RFLP?
Piirangufragmentide pikkuse polümorfismid (RFLP) on molekulaarne marker, mida kasutatakse molekulaarbioloogias homoloogsete DNA järjestuste geneetiliste variatsioonide tuvastamiseks. See on esimene geneetiline marker, mis on välja töötatud DNA sõrmejälgede võtmiseks. Kõik organismid toodavad ainulaadseid DNA profiile, kui need on piiratud spetsiifiliste restriktsiooniensüümidega. RFLP on oluline vahend isikute ainulaadsete DNA-profiilide loomisel ja nende seas geneetilise variatsiooni tuvastamisel. Kui DNA proovid lagundatakse spetsiifiliste restriktsiooni endonukleaasidega, saadakse sellest erinevad DNA profiilid, mis on unikaalsed iga inimese jaoks. Seetõttu on selle meetodi põhieesmärgiks organismide geneetilise varieerumise tuvastamine, piirates homoloogset DNA-d spetsiifiliste restriktsiooniensüümidega, ja fragmendi pikkuse polümorfismi analüüs geelelektroforeesi ja blotimise teel. Blotimustrid on iga organismi jaoks ainulaadsed ja iseloomustavad konkreetseid genotüüpe.
RFLP-ga on seotud järgmised sammud.
- Piisava koguse DNA eraldamine proovidest
- DNA proovide killustamine spetsiifiliste restriktsiooni endonukleaasidega lühikeseks järjestuseks
- Saadud erineva pikkusega fragmendid eraldati agaroosgeelelektroforeesiga.
- Geelprofiili kandmine Southern blot-meetodil membraani
- Membraani hübridiseerimine märgistatud sondidega ja fragmendi pikkuse polümorfismi analüüs igas profiilis
RFLP-l on mitmesuguseid rakendusi, nagu pärilike haiguste diagnoosimine, genoomide kaardistamine, kriminaalse isiku tuvastamine kohtuekspertiisis, isaduse testimine jne.
Joonis 02: RFLP genotüüpimine
Mis vahe on RAPD-l ja RFLP-l?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD on molekulaarne marker, mis põhineb juhuslikel praimeritel ja PCR-il. | RFLP on molekulaarne marker, mis põhineb erinevate pikkusega restriktsioonifragmentide produktsioonil. |
| Nõutav proov | |
| RAPD analüüsiks piisab väikestest DNA proovidest. | RFLP analüüsiks on vaja suurt kogust ekstraheeritud DNA proovi. |
| Aeg | |
| RAPD on kiire protsess. | RFLP on aeganõudev protsess. |
| Praimeri kasutamine | |
| Kasutatakse juhuslikke praimereid ja erinevate liikide jaoks võib kasutada samu praimereid. | RFLP-s kasutatakse hübridiseerimiseks liigispetsiifilisi sonde. |
| Usaldusväärsus | |
| Tehnika usaldusväärsus on RFLP-ga võrreldes väiksem. | RFLP on usaldusväärne tehnika. |
| Kustutamine | |
| RAPD hõlmab lõunapoolset blottimist. | Southern blotting on RFLP üks etapp. |
| Alleelse variatsiooni tuvastamine | |
| RAPD ei suuda alleelseid variatsioone tuvastada. | Alleelseid variatsioone saab tuvastada RFLP abil. |
| Vajadus järjestusteadmiste järele | |
| RAPD ei vaja eelnevaid teadmisi järjestuse kohta. | Sondi projekteerimiseks on vaja eelnevat järjestuse tundmist. |
| PCR | |
| PCR on seotud RAPD-ga | PCR ei ole seotud RFLP-ga. |
| Reprodutseeritavus | |
| RAPD on vähese reprodutseeritavusega | RFLP-l on kõrge reprodutseeritavus võrreldes RAPD-ga. |
Kokkuvõte - RAPD vs RFLP
RAPD ja RFLP on olulised markerid, mida kasutatakse molekulaarbioloogias. Mõlemad meetodid on võimelised tuvastama organismide geneetilisi variatsioone. RAPD viiakse läbi juhuslike praimerite abil. RFLP viiakse läbi spetsiifiliste restriktsiooniensüümide abil. Mõlemad meetodid annavad DNA-profiilid, mis on ainulaadsed üksikutele organismidele. RAPD hõlmab suhteliselt vähe samme kui RFLP. Kuid see annab vähem usaldusväärseid ja reprodutseeritavaid tulemusi kui RFLP. See on peamine erinevus RAPD ja RFLP vahel.
