Peamine erinevus - AFLP vs RFLP
DNA-uuringutel on tohutu tähtsus fülogeneetiliste seoste mõistmisel ja määramisel, geneetiliste haiguste diagnoosimisel ja organismi genoomide kaardistamisel. Mitut DNA-analüüsiga seotud tehnikat kasutatakse ka konkreetse geeni või DNA järjestuse tuvastamiseks tundmatu DNA kogumis. Neid tuntakse kui molekulaarseid markereid. Amplifitseeritud fragmendi pikkuse polümorfism (AFLP) ja piirangu fragmendi pikkuse polümorfism (RFLP) on kaks sellist molekulaarset markerit (meetodit), mis on välja töötatud molekulaarbioloogias organismide vahelise geneetilise variatsiooni tuvastamiseks. Mõlemad meetodid on võrdselt olulised ning neil on eeliseid ja puudusi. Peamine erinevus AFLP ja RFLP vahel on see, et AFLP hõlmab seeditud DNA selektiivset PCR-amplifikatsiooni, samas kui RFLP ei hõlma DNA fragmentide selektiivset PCR-amplifikatsiooni.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on AFLP
3. Mis on RFLP
4. Võrdlus kõrvuti - AFLP vs RFLP
5. Kokkuvõte
Mis on AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) on oluline vahend molekulaarbioloogias ja seda kasutatakse laialdaselt geneetiliste variatsioonide analüüsimisel. AFLP põhineb fragmenteeritud genoomse DNA spetsiifilisel PCR-amplifikatsioonil ja polümorfismi tuvastamisel autoradiograafidega geelelektroforeesi teel. AFLP aitab laialdaselt tuvastada erinevate kuningriikide, sealhulgas taimede, loomade, bakterite ja seente tüvede või lähedaste liikide geneetilisi erinevusi. AFLP saab läbi viia väikeses koguses tundmatute DNA proovidega. See ei nõua eelnevaid järjestusteadmisi ja sondide kujundamist.
AFLP sammud
- DNA eraldamine
- DNA seedimine restriktsiooni endonukleaasidega
- Piiratud DNA fragmentide ligeerimine adapteritega
- Fragmentide selektiivne amplifitseerimine spetsiifiliste restriktsioonisaitidega
- PCR-toodete eraldamine geelelektroforeesiga
- Geelmaatriksi visualiseerimine autoradiograafi abil
AFLP on tundlikum ja reprodutseeritavam meetod, mida saab kasutada mitmete taksonite, sealhulgas seente, bakterite, taimede ja loomade DNA profileerimisel, ilma et oleks eelnevalt teada DNA järjestusi. See aitab tuvastada väikseid erinevusi üksikisikute vahel populatsioonides selle ülitundliku olemuse tõttu. AFLP on oluline ka genoomide kaardistamisel, kohtuekspertiisi uuringutel, vanemate testimisel, genotüüpide määramisel jne.
Joonis 01: AFLP
Mis on RFLP?
Piirangufragmentide pikkuse polümorfismid (RFLP) on tehnika, mida kasutatakse homoloogsete DNA järjestuste geneetiliste variatsioonide tuvastamiseks. See on esimene meetod DNA profiilide väljatöötamiseks. Organismidel on ainulaadsed DNA sõrmejäljed või DNA profiilid. RFLP on oluline vahend, et analüüsida spetsiifiliste või lähedaste organismide DNA-profiilide varieerumist, kuna homoloogsetel järjestustel on erinevad restriktsioonikohad (asukohad), mis on unikaalsed konkreetsele organismile. Kui homoloogset DNA-d seeditakse spetsiifiliste restriktsiooni endonukleaasidega, saadakse sellest erinevad DNA-profiilid, mis on unikaalsed iga inimese jaoks. Seetõttuselle meetodi põhieesmärk on organismide geneetilise variatsiooni tuvastamine, piirates homoloogset DNA-d spetsiifiliste restriktsiooniensüümidega, ja fragmendi pikkuse polümorfismi analüüs geelelektroforeesi ja määrimise teel. Blotimustrid on iga organismi jaoks ainulaadsed ja iseloomustavad konkreetseid genotüüpe.
RFLP sammud
- Piisava koguse DNA eraldamine proovidest
- DNA proovide killustamine spetsiifiliste restriktsiooni endonukleaasidega lühikeseks järjestuseks
- Saadud erineva pikkusega fragmendid eraldati agaroosgeelelektroforeesiga.
- Geelprofiili kandmine Southern blot-meetodil membraani
- Membraani hübridiseerimine märgistatud sondidega ja fragmendi pikkuse polümorfismi analüüs igas profiilis
RFLP on väga oluline tehnika haiguse pärilikkuse tuvastamiseks ja haiguse tekkimise ohu leidmiseks pereliikmete seas. RFLP-d kasutatakse sageli ka genoomide kaardistamisel, kurjategijate tuvastamiseks kohtuekspertiisis, isadustestides jne. RFLP-l on ka mitmeid piiranguid. RFLP nõuab hübridisatsiooni sondide kujundamiseks eelnevaid teadmisi järjestuse andmetest. Samuti on vaja analüüsimiseks eraldada proovist piisav kogus DNA-d, mis on kohtuekspertiisides keeruline.
Joonis 01: RRFLP kaardistamine
Mis vahe on AFLP-l ja RFLP-l?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP hõlmab seeditud DNA selektiivset PCR-amplifikatsiooni. | RFLP ei hõlma PCR-i, kui see pole PCR-RFLP. |
| Järjestusteadmised | |
| Eelnev teadmine järjestuse kohta pole vajalik. | Disainitud RFLP-sondide jaoks on vaja eelnevat järjestuse tundmist. |
| Usaldusväärsus | |
| See on usaldusväärsem. | See on AFLP-ga võrreldes vähem usaldusväärne. |
| Tõhusus polümorfismi tuvastamisel | |
| Sellel on polümorfismi tuvastamisel suurem efektiivsus kui RFLP-l. | See on AFLP-ga võrreldes vähem efektiivne. |
| Maksumus | |
| See on RFLP-ga võrreldes veidi kallis. | See on AFLP-ga võrreldes odavam. |
| Rakendused | |
| AFLP-sid on kasutatud genoomide kaardistamisel, DNA sõrmejälgede võtmisel, geneetilise mitmekesisuse uuringutel, isaduse testimisel ja kohtuekspertiisil | RFLP analüüs on oluline vahend genoomide kaardistamisel, geenide häirete geenide lokaliseerimisel, haiguste riski määramisel ja isaduse testimisel. |
Kokkuvõte - AFLP vs RFLP
AFLP ja RFLP on kaks meetodit, mida kasutatakse geneetiliste markeritena mitmekesisuse hindamiseks ja geneetiliste seoste hindamiseks molekulaarbioloogias. AFLP toimib tõhusa ja tundliku meetodina organismide vahelise geneetilise polümorfismi tuvastamiseks kui RFLP. Kuigi mõlemal neist meetoditest on geneetiliste variatsioonide tuvastamisel erinev efektiivsus, kasutatakse neid siiski DNA sõrmejälgede võtmiseks ja haiguste diagnoosimiseks.
