Peamine erinevus - geelelektroforees vs SDS
Geelelektroforees on tehnika, mis eraldab makromolekule elektriväljas. Molekulaarbioloogias on levinud meetod eraldada segudest DNA, RNA ja valgud vastavalt nende molekulaarsuurusele. SDS Page on geelelektroforeesi tüüp, mida kasutatakse valkude eraldamiseks valgusegust nende suuruse põhjal. Geelelektroforees on termin, mida kasutatakse DNA, RNA ja valkude eraldamiseks kasutatava normaalse tehnika tähistamiseks, samal ajal kui SDS Page on geelelektroforeesi tüüp. See on peamine erinevus geelelektroforeesi ja SDS Page vahel.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on geelelektroforees
3. Mis on SDS-leht
4. Võrdlus kõrvuti - geelelektroforees vs SDS-leht
5. Kokkuvõte
Mis on geelelektroforees?
Geelelektroforees on laborites levinud tehnika laetud molekulide, näiteks DNA, RNA, valkude jms eraldamiseks nende segudest. Geeli elektroforeesil kasutatakse geeli. See toimib molekulaarsõelana. Geelelektroforeesis kasutatakse kahte tüüpi geele, nimelt agaroos ja polüakrüülamiid. Geeli valimine ja geelipreparaat on olulised tegurid, mida tuleb geelelektroforeesides arvestada, kuna geeli pooride suurust tuleks hoolikalt manipuleerida, et geelelektroforeesi abil molekulid hästi eralduksid. Geelelektroforeesil on elektriväli, mis on ühendatud geeli kahe otsaga. Geeli üks ots näitab positiivset laengut, teine ots aga negatiivselt.
DNA ja RNA on negatiivselt laetud molekulid. Kui need on geeli negatiivsest otsast geeli kantud ja elektriväljale kantud, migreeruvad nad geeli pooride kaudu positiivselt laetud geeli otsa suunas. Migratsiooni kiirus sõltub laengust ja molekuli suurusest. Väiksemad molekulid migreeruvad geeli pooride kaudu hõlpsasti kui suuremad molekulid. Seega läbivad väiksemad molekulid geeli kaudu pikki vahemaid ja suuremad lühikese vahemaa. Molekulide liikumise jälgimiseks geelil kasutatakse spetsiaalseid värvaineid. Elektrivälja rakendatakse teatud aja jooksul ja see peatatakse, et vältida molekulide kadu ja hoida molekule liikunud asendites. Geelis võib täheldada erinevaid ribasid. Need ribad tähistavad erineva suurusega molekule. Seegageelelektroforees on kasulik molekulide eristamiseks nende suuruse järgi.
Geelelektroforeesi lisatakse mitmesugustesse meetoditesse kui molekulaarbioloogia ettevalmistavasse tehnikasse, näiteks PCR, RFLP, kloonimine, DNA järjestamine, Southern blotting, genoomi kaardistamine jne.
Joonis 01: agaroosgeeli elektroforees
Mis on SDS-leht?
Naatriumdodetsüülsulfaadi polüakrüülamiidgeelelektroforees (SDS Page) on teatud tüüpi geelelektroforees, mida kasutatakse valkude eraldamiseks. Kui valkude eraldamiseks kasutatakse geelelektroforeesi, on vaja spetsiaalset ravi, kuna valgud ei ole negatiivselt laetud nagu DNA ja RNA ega rända positiivse või negatiivse otsa poole. Seega denatureeritakse valgud ja kaetakse need enne geelelektroforeesi negatiivse laenguga. Selleks kasutatakse detergenti, mida nimetatakse naatriumdodetsüülsulfaadiks (SDS). Geelielektroforees, mis kasutab SDS-d ja polüakrüülamiidgeeli kandja jaoks, on tuntud kui SDS Page. Seda tehnikat kasutatakse tavaliselt biokeemias, geneetikas, kohtuekspertiisis ja molekulaarbioloogias.
SDS Page ajal segatakse valgud SDS-iga. SDS avab valgud lineaarseks ja katab need negatiivse laenguga, mis on proportsionaalne nende molekulmassiga. Negatiivse laengu tõttu migreeruvad valgumolekulid geeli positiivse laengu otsa suunas ja eralduvad vastavalt nende molekulmassidele. SDS Page lehel kasutatakse geeli tahke kandjana polüakrüülamiidi. Valkude tegelik eraldamine sõltub peamiselt geeli omadustest. Seetõttu tuleks polüakrüülamiidgeeli valmistada hoolikalt ja kasutada polüakrüülamiidi õigeid kontsentratsioone. Polüakrüülamiidgeelidel on kõrge eraldusvõime kui agaroosgeelidel. Seega peetakse SDS Page-i valkude eraldamise kõrge eraldusvõimega tehnikaks.
SDS Page on denatureeriva geelelektroforeesi tüüp. Sellel on valgu analüüsimisel suur piirang. Kuna SDS denatureerib valke enne eraldamist, ei võimalda see tuvastada ensümaatilist aktiivsust, valkudega seonduvaid koostoimeid, valgu kofaktoreid jne.
Joonis 02: SDS-i leht
Mis vahe on geelelektroforeesil ja SDS-lehel?
Geelelektroforees vs SDS |
|
| Geelelektroforees on meetod makromolekulide eraldamiseks elektrivälja abil. | SDS Page on kõrglahutusega geelelektroforeesi meetod, mida kasutatakse valkude eraldamiseks nende massi põhjal. |
| Geelijooks | |
| Seda saab teostada horisontaalselt või vertikaalselt. | SDS-leht töötab alati vertikaalselt. |
| Eraldamise alus | |
| Eraldamine toimub vastavalt laengule ja suurusele. | Valkude eraldamine toimub massi ja laengu järgi. |
| Resolutsioon | |
| Agaroosgeeli elektroforeesil on madal lahutusvõime ja polüakrüülamiidgeeli elektroforeesil kõrgem lahutusvõime | SDS-i lehel on parem eraldusvõime. |
| Denaturatsioon | |
| Geelelektroforees hõlmab nii denatureerimis- kui ka denatureerimisvõtteid. | SDS Page denatureerib valke enne eraldamist. |
Kokkuvõte - geelelektroforees vs SDS
Geelelektroforees on levinud tehnika, mida kasutatakse DNA, RNA ja valkude eraldamiseks ja analüüsimiseks nende suuruse ja laengu põhjal. Geelelektroforeesil on kaks peamist tüüpi, nimelt agaroosgeelelektroforees ja polüakrüülamiidgeelelektroforees. Agaroosgeele kasutatakse peamiselt nukleiinhapete eraldamiseks; kui on vaja suuremat eraldusvõimet, kasutatakse polüakrüülamiidgeele. SDS Page on geelelektroforeesi tüüp, mida tavaliselt kasutatakse valkude komplekssegude eraldamiseks. Seda peetakse kõrge eraldusvõimega valkude eraldamise tehnikaks. See on erinevus geelelektroforeesi ja SDS vahel.
