Peamine erinevus - SDS-leht vs omaleht
SDS ja native page on kahte tüüpi polüakrüülamiidgeeli elektroforeesi tehnikaid, mida kasutatakse molekulaarbioloogias. Peamine erinevus SDS-lehe ja Native Page-i vahel on kasutatud polüakrüülamiidgeeli tüüp. SDS Page-is kasutatakse denatureerivat geeli, mistõttu molekulid eraldatakse nende molekulmassi alusel. Seevastu Native Page'is kasutatakse denatureerimata geele. Seetõttu eraldatakse molekulid nende suuruse, laengu ja kuju alusel.
Polüakrüülamiidgeeli elektroforeesil (lehekülg) kasutatakse akrüülamiidmonomeeride polümerisatsiooni teel metüleenbisakrüülamiidiga valmistatud geeli. Polüakrüülamiid on sitkem ja kuumakindlam kui agaroos. Polüakrüülamiidgeelidel on väiksem pooride suurus, mis võimaldab valke tõhusalt eraldada. Lehe seadistamisel on kaks peamist tüüpi, nimelt SDS-leht ja omaleht. SDS Page või naatriumdodetsüülsulfaadi polüakrüülamiidgeeli elektroforees eraldab valgud nende molekulmassi põhjal. Denatureerimisgeele kasutatakse SDS Page. Native Page kasutab mitte-denatureerivaid geele ja eraldab valgud nende suuruse, laengu ja kuju (3D-konformatsioon) põhjal.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on ohutuskaardi leht
3. Mis on kohalik leht
4. SDS-lehe ja omalehe vahelised sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - ohutuskaardi leht vs emakeelne leht tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on SDS-leht?
SDS Page on kõige tavalisem elektroforeetiline tehnika, mida kasutatakse valkude eraldamiseks nende molekulmassi alusel. Geeli valmistamiseks lisatakse SDS (naatriumdodetsüülsulfaat), mis on detergent. SDS proteesib valgud monomeerideks. SDS on anioonne detergent. Seetõttu lisab see valkudele negatiivse netolaengu laias pH-vahemikus. Kui valgumolekulidele antakse negatiivne netolaeng, lagunevad laengu varieerumise tõttu komplekssed struktuurid. Negatiivse laengu tõttu tõmbuvad valgud positiivse lõpu poole. Seega liiguvad väiksema molekulmassiga molekulid geelmaatriksil kiiremini ja neid võib täheldada anoodi lähedal, suurema molekulmassiga valke aga süvendite lähemal.
Joonis 01: ohutuskaardi leht
SDP seondumine polüpeptiidahelaga on proportsionaalne selle suhtelise molekulmassiga. Seetõttu saab molekulmassi määrata ka SDS - i kaudu. SDS Page geelide värvimine toimub bromofenoolsinise värvimisega. SDS-i lehtede rakendused ulatuvad suuremal määral, kus seda saab kasutada suhtelise molekulmassi hindamiseks ja valkude suhtelise arvukuse määramiseks valgusegus. SDS-i lehte saab kasutada ka valkude jaotuse määramiseks valkude segus. SDS Page-i kasutatakse ka valkude puhastamiseks ja hindamiseks. Seda kasutatakse Western blotimise ja hübridiseerimise esialgse protseduurina, mida omakorda kasutatakse valkude kaardistamiseks ja identifitseerimiseks.
Mis on emakeel?
Natiivse polüakrüülamiidgeeli elektroforeesil (Native Page) kasutatakse mitte denatureerivat geeli. Seetõttu ei lisata geellimaatriksile SDS-i ega mõnda muud denatureerivat ainet. Native Page'is põhineb valkude eraldamine laengul ja valgu suurusel. Seetõttu sõltub valgu liikuvus laengust ja valgu suurusest.
Valgu laeng sõltub aminohapete kõrvalahelatest. Kui külgahelad on negatiivselt laetud, saab valk üldise negatiivse laengu ja vastupidi. Valgud säilitavad toimuva voltimise tõttu 3D-konformatsiooni. Voltimine tuleneb valkude mitmest sidetüübist, nagu disulfiidsidemed, hüdrofoobsed vastasmõjud ja vesiniksidemed. Seega, kui natiivset lehte kantakse neutraalsel pH-tasemel, eraldatakse valgud vastavalt valgu molekulkujule. Seetõttu saab Native Page'i kasutada tundliku tehnikana valgu laengu või konformatsiooni muutuse tuvastamiseks.
Natiivse lehe peamine eelis on see, et lehe analüüsimiseks kasutatud valgu saab pärast lehe analüüsi taastada algses olekus, kuna valk protsessi käigus ei häiri. Native Page on suhteliselt suure läbilaskevõimega tehnika ja valgu stabiilsus on suurenenud.
Joonis 02: emakeel
Pärast geelijooksu lõppu saab Native Page geeli vaadata, värvides seda bromofenoolsinise või mõne muu sobiva värvimisreagendiga. Native Page'i rakendused hõlmavad happeliste valkude, sealhulgas glükoproteiinide, nagu inimese rekombinantne erütropoetiin, eraldamist või veise seerumi albumiinis (BSA) sisalduvate valkude tuvastamist.
Millised on SDS-lehe ja omalehe sarnasused?
- Nii SDS Page kui ka Native Page süsteemid kasutavad geeli maatriksina polüakrüülamiidgeeli.
- Mõlemat kasutatakse valkude eraldamiseks ja identifitseerimiseks.
- Mõlemad kasutavad ühendite eraldamiseks elektroforeetilist liikuvust.
- Mõlemat saab teha vertikaalselt või horisontaalselt (enamasti vertikaalsete lehe seadistustena, kuna jooksu pikkus on suurem).
- Elektroforeesiseade, sealhulgas geelipaak, kammid, toiteallikas on vajalik mõlema tehnika kasutamiseks.
- Geeli visualiseerimist saab teha mõlemas tehnikas värvimismeetoditega.
Mis vahe on SDS-lehel ja omalehel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
SDS-leht vs omaleht |
|
| SDS Page või naatriumdodetsüülsulfaat Page eraldab valgud nende molekulmassist lähtuvalt ja selleks kasutatakse denatureerivat geeli. | Native Page kasutab mitte-denatureerivaid geele ja eraldab valgud nende suuruse, laengu ja kuju (3D-konformatsioon) põhjal. |
| Geeli tüüp | |
| SDS-lehel kasutatakse denatureerivat geeli. | Kodulehel kasutatakse mitte denatureerivat geeli. |
| Ohutuskaardi olemasolu | |
| SDS on detergendina SDS-lehel oleva proovi negatiivse laengu andmiseks. | SDS-i pole kohalikul lehel. |
| Eraldamise alus | |
| Valkude eraldamine sõltub valgu molekulmassist SDS-lehel. | Eraldamine sõltub emakeelsel lehel oleva valgu molekuli suurusest ja kujust. |
| Valgu stabiilsus | |
| Valgu stabiilsus on SDS-lehel madal. | Valgu stabiilsus on emakeelsel lehel kõrge. |
| Algvalgu taastamine | |
| Pole võimalik, kuna see on SDS-lehel denatureeritud. | Võimalik emakeelsel lehel. |
Kokkuvõte - ohutuskaardi leht vs omaleht
SDS Page ja Native Page on polüakrüülamiidgeeli elektroforeesi kahte tüüpi meetodid, mida kasutatakse valkude eraldamiseks. SDS Page töödeldakse pesuvahendiga, mida nimetatakse SDS-ks. SDS annab valgule üldise negatiivse laengu, mille tulemuseks on valgu denaturatsioon. Seetõttu eraldatakse valgud nende molekulmassi alusel. Seevastu Native Page tehnika ei kasuta ühtegi denatureerivat ainet. Seega eraldatakse valgud kas nende suuruse või kuju alusel. See on erinevus SDS-lehel ja omalehel.
