Peamine erinevus - nüri vs kleepuv otsalõige
Piiravad endonukleaasid on spetsiifilised ensüümid, mis lõikavad kaheahelalist DNA-d (dsDNA). Neid tuntakse molekulaarbioloogias ka kui molekulaarkääre. Piiravad ensüümid on võimelised tuvastama dsDNA spetsiifilisi lühikesi järjestusi, mida tuntakse äratundmiskohtadena, ja lõhustama fosfodiestri- ja vesiniksidemed, et avada topeltahelad. Nende ensüümide abil lõhustamise tulemusel toodetakse DNA fragmente erinevat tüüpi otstega, näiteks kleepuvate otste ja nüri otstega. DNA ligaas on ensüüm, mida kasutatakse molekulaarbioloogias kahe külgneva DNA ahela ühendamiseks uute sidemete moodustamisega. Seda etappi nimetatakse ligeerimiseks ja vastavalt ligeeritud DNA otsa tüübile võib neid nimetada nüri otsa ligeerimiseks ja kleepuva otsa ligeerimiseks. Peamine erinevus nüri ja kleepuva otsa ligeerimise vahel on see, et nüri otsa ligeerimine toimub kahte nüri otsa sisaldavate DNA fragmentide vahel, samas kui kleepuva otsa ligeerimine toimub 5 'ja 3' ülerippude vahel. Nüri otsa ligeerimisega võrreldes on kleepuva otsa ligeerimine tõhusam ja stabiilsem.
SISUKORD
1. Ülevaade ja põhierinevus
2. Mis on nüri otsaga ligeerimine
3. Mis on kleepuva otsaga ligeerimine
4. Kõrvuti võrdlus - nüri vs kleepuv otsalõige
5. Kokkuvõte
Mis on nüri otsaga ligeerimine?
Mõned restriktsiooni endonukleaasid võivad lõigata DNA vastupidistes alustes ja toota nüri otsa DNA fragmente. Neid ensüüme tuntakse nüri otsalõikuritena; nad lõhenevad otse alla restriktsioonikoha keskosa, jätmata üheahelalisi üleulatuvaid aluseid. Nürid otsad on tuntud ka kui mitteulatuvad otsad, kuna nende otstes pole 3 'ja 5' ülerippuvaid aluseid. Mõlemad ahelad lõpevad nüri otsaga aluspaaridest. Tavalised nüri otsa lõikavad ensüümid on EcoRV HaeIII, AluI ja SmaI.
Nüri otsa ligeerimine on seotud kahe nüri otsa vahel. See ei ole väljaulatuvate aluste ligeerimine. See ligeerimine on vähem efektiivne kui kleepuva otsa ligeerimine. Kuid mõnel juhul muutub nüri otsa ligeerimine soodsamaks kui kleepuva otsa ligeerimine, eriti PCR-toodete ligeerimisel. PCR-tooteid toodetakse alati nüri otsaga. Nüri otsa ligeerimine ei vaja ligeerimiseks DNA komplementaarset otsa.
Joonis 01: nüri lõpptoodang Eco RV ensüümi abil
Mis on kleepuv otsalõige?
Mõned restriktsiooni endonukleaasid on võimelised lõikama dsDNA, jättes selle otsa ühe ahelaga DNA üleulatuva tüki. Neid otsi tuntakse kleepuvate või üleulatuvate otstena. Kleepuva otsa ligeerimine toimub kahe DNA fragmendi vahel, mis sisaldavad sobituvaid üleulatuvaid osi, kuna kleepuvatel otstel on paardumata alused ja sidemete moodustamiseks on vaja täiendavaid aluseid. Seega on sobivate ligeeruvate fragmentide saamiseks vaja kasutada sama restriktsiooniensüümi mõlema DNA allika jaoks.
Kleepuva otsa ligeerimine on tõhusam ja kloonimisprotsessides sageli väga soovitav. On mitmeid restriktsiooniensüüme, mis toodavad kleepuvaid otsi. Need on EcoRI, BamHI, HindIII jne.
Joonis 02: kleepuv lõpptoodang EcoRI ensüümi abil
Mis vahe on nüri ja kleepuva otsaga ligeerimisel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Nüri vs kleepuv otsalõige |
|
| Nüri otsa ligeerimine toimub kahe nüri otsa DNA fragmendi vahel. | Kleepuva otsa ligeerimine toimub kahe kleepuvate otstega sobiva DNA fragmendi vahel. |
| Ensüümid | |
| Nüri otsaga lõikurid toodavad nüri otsa. | Kleepuvad otsalõikurid toodavad kleepuvaid või ühtseid otsi. |
| Nõue sobitada lõpeb | |
| See ei nõua sobituvaid fragmente ega täiendavaid aluseid. | Aluspaaride moodustamiseks on vaja otstes täiendavaid aluseid. |
| Tõhusus | |
| See on vähem efektiivne kui kleepuva otsa ligeerimine | See on efektiivsem kui nüri otsa ligeerimine. |
Kokkuvõte - nüri vs kleepuv otsalõige
Piiravad endonukleaasid on võimelised lõhustama dsDNA-d ja tootma erineva otsaga DNA-fragmente. Nad tunnevad ära spetsiifilised järjestused ja piiravad DNA-d, luues kleepuvaid ja nüri otsi. Kleepuvate otste fragmentide otsas on paaristamata alused. Nürid otsad tekivad tänu sirgele lõhenemisele ja nende otstes on aluspaarid. Kleepuva otsa ligeerimine nõuab kahte komplementaarset üheahelalist DNA tükki. Nüri otsa ligeerimine toimub mis tahes kahe nüri otsa fragmendi vahel. See on erinevus nüri ja kleepuva ligeerimise vahel.
