Peamine erinevus - VNTR vs STR
DNA-uuringud on ülimalt kasulikud fülogeneetiliste seoste mõistmisel ja määramisel, geneetiliste haiguste diagnoosimisel ja organismi genoomide kaardistamisel. Tundmatu DNA kogumis konkreetse geeni või DNA järjestuse tuvastamiseks kasutatakse mitut DNA-analüüsiga seotud tehnikat. Neid tuntakse kui geneetilisi markereid. Geneetilisi markereid kasutatakse molekulaarbioloogias üksikisikute ja liikide vahelise geneetilise variatsiooni tuvastamiseks. Muutuva arvuga tandemkordus (VNTR) ja lühike tandemkordus (STR) on kahte tüüpi geneetilised markerid, mis näitavad üksikisikute seas polümorfismi. Mõlemad tüübid on mittekodeeriv korduv DNA, mis on tandem korduv. Need on paigutatud kromosoomides peast saba moodi. VNTR on genoomi lõik, kus lühikest nukleotiidjärjestust korratakse mitu korda. STR on veel üks DNA sektsioon genoomis, mis on korraldatud korduvate üksustena, mis koosnevad kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidist sada korda. Peamine erinevus VNTR ja STR vahel on nukleotiidide arv korduvas järjestuses. VNTRi korduvad üksused koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist, samas kui STR korduv üksus koosneb 2 kuni 13 nukleotiidist. VNTR-i ja STR-i kasutatakse kohtuekspertiisides laialdaselt.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on VNTR
3. Mis on STR
4. VNTR ja STR sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - VNTR vs STR tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on VNTR?
Tandemkordus on lühike DNA järjestus, mida korratakse peast saba moodi kindlas kromosoomilookuses. Tandemkorduses pole muud järjestust ega nukleotiidi. Genoomis on mitut tüüpi tandemkordusi. VNTR on nende hulgas selline tandemkorduse tüüp, mille korduvad üksused koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist. VNTR on minisatelliidi tüüp. Neid tandemkordusi võib leida paljudest kromosoomidest. Need paiknevad inimese genoomis ja asuvad peamiselt kromosoomide subtelomeersetes piirkondades.
VNTR-id näitavad üksikisikute seas tandem-korduvat polümorfismi. VNTR pikkus kromosoomi konkreetses asukohas on üksikisikute hulgas väga erinev, kuna selles DNA sektsioonis on korduvate üksuste arv erinev. Seetõttu saab VNTR-i kasutada võimsa vahendina üksikisikute tuvastamisel ja VNTR-i analüüsi kasutatakse paljudes valdkondades, sealhulgas geneetika, bioloogia uurimine, kohtuekspertiis ja DNA sõrmejälgede printimine. VNTR-id olid esimesed geneetilised markerid, mida kasutati luuüdi siirdamise implanteerimise kvantifitseerimiseks. VNTR-id olid ka esimesed polümorfsed markerid, mida kasutati kriminalistika DNA profiilide koostamisel.
Joonis 01: VNTR-ide variatsioon kuuel isikul
VNTR analüüs viiakse läbi restriktsioonifragmentide pikkuse polümorfismi kaudu, millele järgneb lõunapoolne hübridisatsioon. Seega vajab see suhteliselt suurt DNA proovi. Samuti on problemaatiline VNTR-i profiili tõlgendamine. Nende piirangute tõttu on VNTR-i kasutamine kohtugeneetikas piiratud ja see asendatakse STR-analüüsiga.
Mis on STR?
STR on väga korduv DNA sektsioon, mis koosneb kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidi korduvast üksusest, mis on korraldatud tandem-viisil. STR sarnaneb VNTR-ga. Kuid see varieerub VNTR-st alates korduvate järjestuste nukleotiidide arvust ja korduste arvust. STR on mikrosatelliidi tüüp.
Korduvate ühikute täpse arvu mõõtmisega seotud STR-analüüs. STR-id on üksikisikute hulgas väga erinevad, sarnaselt VNT-dega. STR-profiilid on inimeseti erinevad. Seetõttu kasutatakse molekulaarbioloogias STR-analüüsi kahe või enama proovi DNA spetsiifiliste lookuste võrdlemiseks. Seega peetakse molekulaarbioloogias STR-e võimsateks geneetilisteks markeriteks. See on suurepärane vahend üksikisikute tuvastamiseks nende kõrge polümorfismi ja suhteliselt lühikese pikkuse tõttu.
Praegu on kohtuekspertiisigeneetikas kõige sagedamini analüüsitud geneetilise polümorfismi tööriistad STR-id. Enamik kohtuekspertiisi juhtumeid hõlmab STR polümorfset analüüsi. STR lookused on levinud kogu genoomis. Kromosoomides paiknevad tuhanded STR-id, mida saab kasutada kohtuekspertiisi analüüsis. STR-analüüs ei hõlma restriktsiooni pikkuse polümorfismi nagu VNTR-i analüüs. STR-analüüs ei lõika restriktsiooniensüümidega DNA-d. Spetsiifilisi sonde kasutatakse soovitud piirkondade kinnitamiseks DNA-le ja PCR-meetodi abil määratakse STR pikkused.
Joonis 02: STR variatsioon proovide vahel
Millised on VNTR ja STR sarnasused?
- VNTR ja STR on kodeerimata DNA.
- Mõlemad on tandem kordused.
- Mõlemad näitavad üksikisikute seas polümorfismi, mis tuleneb DNA sektsiooni pikkuse erinevusest.
- Mõlemat kasutatakse DNA sõrme trükkimisel ja kohtuekspertiisides võimsate geneetiliste markeritena.
Mis vahe on VNTR ja STR vahel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
VNTR vs STR |
|
| VNTR on mittekodeeriv korduv DNA, millel on lühike nukleotiidjärjestus, mida korratakse tandem-viisil. | STR on väga korduv DNA sektsioon, mis koosneb kahest kuni kolmeteistkümnest nukleotiidi korduvast üksusest, mis on korraldatud tandem-viisil. |
| Suurus | |
| VNTR-id on suuremad kui STR-id. | STR-id on väiksemad kui VNTR-id. |
| Nukleotiidide arv korduvas järjestuses | |
| VNTRi korduv üksus koosneb 10 kuni 100 nukleotiidist. | STR-i korduv üksus koosneb 2 kuni 13 nukleotiidist. |
Kokkuvõte - VNTR vs STR
VNTR ja STR on kaks võimsat geneetilist markerit, mida kasutatakse molekulaarbioloogias, eriti kohtuekspertiisi geneetika valdkonnas. VNTR on minisatelliidi tüüp ja STR on mikrosatelliit. VNTR ja STR on kodeerimata, väga korduvad DNA-d. Need on tandem kordused. VNTR ja STR üldine struktuur on sama. Kuid nukleotiidide arv korduvas järjestuses ja pikkus on erinevad. VNTR-l on korduvad järjestused, mis koosnevad 10 kuni 100 nukleotiidist. STR-il on korduvad järjestused, mis koosnevad 2 kuni 13 nukleotiidist. See on erinevus VNTR ja STR vahel.
Laadige alla VNTR vs STR PDF-versioon
Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja kasutada võrguühenduseta eesmärkidel, nagu viidatud märkustele. Laadige siit alla PDF-versioon. Erinevus VNTR ja STR vahel.
