Peamine erinevus koloniseerimise ja nakatumise vahel seisneb selles, et koloniseerimine on mikroobide loomine kehakudedesse, samas kui nakkus on mikroobide kehakudedesse tungimine, mis põhjustab haiguse sümptomeid.
Mikroobide patogeensus on täielik biokeemiline ja struktuurne protsess, mille määratleb täielik mehhanism, milles mikroorganism haiguse põhjustab. Näiteks võib bakterite patogeensust seostada bakteriraku erinevate komponentidega nagu kapsel, fimbriid, lipopolüsahhariidid (LPS) ja muud rakuseina komponendid. Me võime seda seostada ka ainete aktiivse sekretsiooniga, mis kahjustavad peremeeskoesid või kaitsevad baktereid peremehe kaitsemehhanismide eest. Koloniseerimine ja nakatumine on mikroobide patogeensuses kaks mõistet. Mikroobide patogeensuse esimene etapp on kolonisatsioon. Seda tuntakse kui patogeeni õiget tuvastamist peremeeskoes. Vastupidi, nakkus on patogeeni kehakudede invasioon haiguse põhjustamiseks.
