Peamine erinevus - bakterite transposaasid vs retroviiruse integraasid
Transporditav geneetiline materjal on arenenud kahe peamise strateegiaga, et liikuda ühest piirkonnast teise nii genoomide sees kui nende vahel. Üks meetod on RNA molekuli nihutamine enne DNA molekuli moodustumist, samas kui teine rada hõlmab DNA vaheühendeid. Transposaasid ja viiruse integraasid on sellise ülekantava geneetilise materjali näited. Bakterite transposaasid seonduvad transposoonide lõpuga ja hõlbustavad erinevate mehhanismide kaudu transposooni liikumise katalüüsimist genoomi teise ossa. Retroviiruslikud integraasid on ensüümid, mis aitavad integreerida retroviiruse geneetilist materjali, näiteks HIV, nakatunud peremeesraku geneetilisse materjali (DNA). See on peamine erinevus bakterite transposaaside ja retroviiruste integraaside vahel.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on bakterite transposaasid
3. Mis on retroviiruse integraasid
4. Bakterite transposaaside ja retroviiruslike intraaside sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - bakteriaalsed transposaasid vs retroviiruse intraasid tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on bakterite transposaasid?
Transposaasi võib määratleda kui transpoosonite otsa seotud ensüümi, mis hõlbustab erinevate mehhanismide kaudu transposooni liikumise katalüüsimist genoomi teise ossa. Selliste mehhanismide hulka kuuluvad „lõikamise ja kleepimise mehhanism” ja „replikatiivne ülevõtmise mehhanism”. Transposaas sisestati kõigepealt ensüümi kloonimise kaudu, mis on vajalik Tn3 transposooni üleviimiseks. Ülekantavate geneetiliste elementide abil on genoomide vahel või ühest kohast teise liikumiseks kasutatud kahte olulist strateegiat. Transport RNA vaheühendi kaudu enne DNA koopia sünteesi on üks strateegia, samas kui teine on seotud ainult DNA vaheühenditega. Rekombinatsioonireaktsioonid, mis on seotud mõlema elemendi integreerimisega, toimuvad tänu elemendispetsiifilistele ensüümidele. SeegaDNA elementide korral on need ensüümid tuntud kui transposaasid, samas kui RNA elementide korral on need integraasid.
Mõlema ülevõtmisstrateegia erinevuste võrdlemisel näib, et sisestamisprotsess on keemiliselt identne. Kuid hiljutised tõendid näitavad, et aktiivse saidi moodustavate aminohapete järjestuste piirkondades nähakse integratsioonimehhanismi teatud sarnasusi; DDE motiiv. Praegu klassifitseeritakse viit transposaaside perekonda, kuid uute transposaaside tähemärkidega on perekondade arv veel kasvamas. Perekondade hulka kuuluvad DDE transposaas, türosiini (Y) transposaas, seriini (S) transposaas, Rolling ringi transposaas, pöördtranskriptaasid / endonukleaasid (RT / En) jne. Need perekonnad kasutavad DNA purustamiseks ja taasühendamiseks unikaalseid katalüütilisi mehhanisme. DDE transposaas hõlmab algse transposooni lõikamis- ja kleepimismehhanismi ning sisaldab kolme konserveerunud aminohapete komplekti, nimelt;aspartaat (D), aspartaat (D) ja glutamaat (E). Türosiini transposaasid hõlmavad ka lõikamise ja kleepimise mehhanismi, kasutades türosiini jääki, mis on kohaspetsiifiline.
Joonis 01: Bakterite transposaasid
Seriini transposaasid hõlmavad ümmarguse DNA vaheühendit ja viivad lõikamis- ja kleepimismehhanismi läbi nagu perekondade kohal. Rulliva ringi transposaas hõlmab kopeerimismehhanismi, kus üks ahel kopeeritakse DNA replikatsiooni kaudu otse sihtkohta. See tagab, et malli ahelal ja kopeeritud ahelal on uus sünteesitud ahel. Pöördtranskriptaaside / endonukleaaside transposaasil on erinevad transpositsioonimehhanismid.
Mis on retroviiruse integraasid?
Retroviiruse integraasi kontekstis peetakse seda retroviiruse ensüümiks, mis aitab integreerida retroviiruse, näiteks HIV, geneetilist materjali nakatunud raku geneetilisse materjali (DNA). Need retroviiruse integraadid lähevad kõige sagedamini segi faagi integraasidega. Faagi integraaside näideteks on λ faagi integraas. Kuid need on täiesti erinevad ensüümid ja neid ei tohiks segi ajada. Retroviiruseelse integratsiooni kompleksi moodustumise osas mängib retroviiruse integraas suurt rolli. Retroviiruse integraasi valgud koosnevad tavaliselt kolmest (03) kanoonilisest domeenist. Neid domeene ühendavad paindlikud linkerid.
Need kolm domeeni hõlmavad N-otsa tsinki siduvat domeeni, kus kolm spiraalset kimpu on ühendatud ja stabiliseeritud kooskõlastatult Zn 2+katioon, RNaas H-kordne katalüütilise tuuma domeen ja C-terminaalne DNA-d siduv domeen, mis on SH3-kordne. Uurimise teel ning biokeemilise ja struktuurse teabe kaudu annab see mõista, et retroviiruse integraasil on võime toimida dimmerite dimeerina (tetrameer). Multimerisatsiooni ja viiruse DNA-ga seondumise kontekstis on retroviiruse integraasi valgu kõik kolm domeeni. Retroviiruse integraasi peamine ülesanne on sisestada selle geneetiline materjal DNA peremeesorganismi. See samm on kõige olulisem samm HIV viiruse paljunemisel. Kui see on edukalt integreeritud, on see kogu selle eluea vältel raku kromosomaalses DNA-s.
Joonis 02: retroviiruslikud intraasid
Seetõttu ei ole raku pärast integreerimist raku tagasi. Need retroviiruse integraadid hõlmavad kahe peamise reaktsiooni, sealhulgas 3'-otsa töötlemise ja kovalentse ligeerimise, katalüüsimist. 3'-otsase töötlemise käigus eemaldatakse viiruse DNA mõlemast 3'-otsast 2-3 nukleotiidi eesmärgiga paljastada viiruse DNA 3'-otste CA dinukleotiidid ja kovalentse ligeerimise käigus töödeldud 3 'otsad viiruse DNA ligeeritakse kovalentselt peremeesorganismi kromosomaalsesse DNA-sse.
Milline on bakterite transposaaside ja retroviiruse integraaside sarnasus?
Nii bakterite transposaasidel kui retroviiruse integraasidel on sarnased aminohappejärjestused
Mis vahe on bakterite transposaaside ja retroviiruse integraaside vahel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Bakterite transposaasid vs retroviiruse integraasid |
|
| Bakteriaalne transposaas on ensüüm, mis on seotud transposoonide otsaga, hõlbustades samas erinevate mehhanismide kaudu transposooni liikumise katalüüsimist genoomi teise ossa. | Retroviiruse integraase peetakse retroviiruse ensüümiks, mis aitab integreerida retroviiruse, näiteks HIV, geneetilist materjali nakatunud raku geneetilisse materjali (DNA). |
| Siduvad piirkonnad | |
| Bakterite transposaaside jaoks on vaja väga spetsiifilisi seondumispiirkondi. | Seondumiseks pole vaja nukleotiidjärjestust või pole seda üldse. |
Kokkuvõte - bakterite transposaasid vs retroviiruse integraasid
Bakterite transposaase peetakse retroviiruse ensüümiks, mis aitab integreerida retroviiruse, näiteks HIV, geneetilist materjali nakatunud raku geneetilisse materjali (DNA). Ülekantavate geneetiliste elementide abil on genoomide vahel või ühest kohast teise liikumiseks kasutatud kahte olulist strateegiat. Praegu klassifitseeritakse viit transposaaside perekonda, kuid uute transposaaside tähemärkidega on perekondade arv veel kasvamas. Retroviiruse integraas, seda peetakse retroviiruse ensüümiks, mis aitab integreerida retroviiruse, näiteks HIV, geneetilist materjali nakatunud raku geneetilisse materjali (DNA). Retroviiruse integraasi valgud koosnevad tavaliselt kolmest (03) kanoonilisest domeenist. Retroviiruse integraasi peamine ülesanne on sisestada selle geneetiline materjal DNA peremeesorganismi. See samm on kõige olulisem samm HIV viiruse paljunemisel. Seetõttu ei ole raku pärast integreerimist raku tagasi. See on erinevus bakterite transposaaside ja retroviirusliku integraasi vahel.
Laadige alla bakterite transposaaside vs retroviirusintegraaside PDF-fail
Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja kasutada võrguühenduseta eesmärkidel, nagu tsiteeritud. Laadige PDF-versioon siit alla: Bakterite transposaaside ja retroviiruste integraaside erinevus
