Peamine erinevus Cosmidi ja Phagemidi vahel seisneb selles sisalduvate järjestuste tüübis. Kosmiid sisaldab cos saiti ja plasmiidi. Seetõttu on see hübriidvektor, samas kui fagemiid on plasmiid, mis sisaldab F1 faagi F1 replikatsiooni alguspunkti.
Kosmiide ja fagemiide kasutatakse kloonimise eesmärgil, eriti suuremate DNA fragmentide kloonimiseks. Neid kasutatakse laialdaselt, eriti erinevate valkude tootmise eest vastutavate geenide kloonimisel. Kosmiidid ja fagemiidid kas replitseeritakse üksi plasmiididena või pakendatakse viirusosakesteks ja seejärel paljundatakse.
