Peamine erinevus aatom- ja molekulaarsete elementide vahel on see, et aatomielement on keemiline liik, mis eksisteerib iseseisvate aatomitena, samas kui molekulaarne element on molekulaarne aine, mis koosneb kahest või enamast ühe elemendi aatomist.
Aatomelemendid on kõige stabiilsemad keemilised elemendid; peamiselt väärisgaasid. Seetõttu võivad nad eksisteerida iseseisvate aatomitena. Kuid nad võivad läbida keemilisi reaktsioone, et moodustada ka ühendeid. Seevastu molekulaarsed elemendid on keemilised ühendid, mis sisaldavad vähemalt kahte sama keemilise elemendi aatomit. Need aatomid seonduvad üksteisega keemiliste sidemete moodustumise kaudu aatomite vahel.
