Peamine erinevus endoteeli ja mesoteeli vahel on see, et endoteel on lihtne lamerakuline epiteelirakkude kiht, mis vooderdab kogu vereringesüsteemi, sealhulgas veresooni, lümfisooni ja südant, samas kui mesoteel on lihtne lamerakuline epiteelirakkude kiht, mis vooderdab peamisi kehaõõnesid nagu kõhukelme, pleura ja perikard.
Epiteel, mesoteel ja endoteel on kolme tüüpi rakukihid, mis vooderdavad meie siseorganeid, kehaõõnesid ja nahka. Seega on nad kõik keha kaitsvad tõkked. Struktuuriliselt on mesoteel ja endoteel spetsialiseerunud või modifitseeritud epiteelikihid, millel on mesodermiline päritolu. Vastavalt sellele koosnevad need lihtsatest lamerakulistest epiteelirakkudest. Nii mesoteel kui ka endoteel on ühekihilised koed. Need vooderdavad teatud sisepindu.
