Peamine erinevus geenide amplifikatsiooni ja geenide kloonimise vahel on see, et geenide amplifitseerimine on protsess, mille käigus polümeraasi ahelreaktsiooniga tehakse huvipakkuvast geenist palju koopiaid. Kuid geenikloonimine on protsess huvipakkuva geeni paljude koopiate tegemiseks in vivo, tehes rekombinantse plasmiidi ja transformeerides selle peremeesbakteriks.
Geen on spetsiifiline DNA fragment, mis kodeerib valku. Organismil on tuhandeid geene. Pealegi on molekulaarsete bioloogiliste meetodite abil võimalik korrutada oluliste geenide DNA järjestusi. Geenide amplifitseerimine ja geenide kloonimine on kaks sellist protseduuri. Mõlemad protseduurid toodavad huvipakkuva geeni palju koopiaid. Kuid nende metoodika osas on geenide amplifitseerimisel ja geenide kloonimisel erinevus.
