Peamine erinevus homodimeeri ja heterodimeeri vahel on see, et homodimeer on valk, mis on valmistatud kahest identsest valgust, samas kui heterodimeer on valk, mis on valmistatud kahest erinevast valgust.
Valk on aminohapete ahelatest koosnev biomolekul. Valgu dimeer on kvaternaarne valgu struktuur, mis moodustub kahe valgu monomeeri või kahe aminohappeahela liitumisel. Üldiselt seovad nad üksteist mittekovalentsete sidemetega. Valgudimeerid on kas homodimeerid või heterodimeerid. Homodimeeris on kaks identset valku, mis ei ole kovalentselt seotud. Heterodimeeril on kaks erinevat valku seotud. See valgu dimeeri vastasmõju on oluline regulatsioonis ja katalüüsis.