Peamine erinevus polüsahhariid- ja konjugaatvaktsiinide vahel on see, et polüsahhariidvaktsiinid sisaldavad antigeenidena ainult vabu polüsahhariide, samas kui konjugeeritud vaktsiinid sisaldavad polüsahhariide koos valgumolekuliga.
Polüsahhariid- ja konjugaatvaktsiinid on kahte tüüpi vaktsiine. Immuunvastuse stimuleerimiseks sisaldavad polüsahhariidvaktsiinid antigeenina ainult polüsahhariidikapslit. Seetõttu põhjustavad nad konjugaatvaktsiinidega võrreldes tähtsusetut immuunvastust. Konjugeeritud vaktsiinid sisaldavad polüsahhariide, mis on konjugeeritud immunogeense valguga. Seega kutsuvad nad esile tugevama immuunvastuse. Pealegi loovad konjugeeritud vaktsiinid B-rakkude mälu ja pikaajalise immuniseerimise. Praegu on konjugeeritud vaktsiinid polüsahhariidvaktsiine oluliselt asendanud.
