Peamine erinevus hüdrokrakkimise ja vesinikuga töötlemise vahel on see, et hüdrokrakkimine hõlmab kõrge keemisega komponentide muundamist madalate keemistena, samas kui hüdrogeenimine hõlmab hapniku ja muude heteroaatomite eemaldamist.
Hüdrokrakkimine ja hüdrogeenimine on naftaõli rafineerimisel kasulikud protsessid. Need kaks protsessi kuuluvad hüdroprotsessimise kategooriasse. Pealegi toimuvad mõlemad need protsessid gaasilise vesiniku manulusel. Põhimõttel ja mehhanismil põhineval hüdrokrakkimisel ja hüdrogeenimisel on siiski selge erinevus.