Peamine erinevus genotoksilisuse ja mutageensuse vahel seisneb selles, et genotoksilisus on aine võime põhjustada toksilisust raku DNA / geneetilisele materjalile, mutageensus on aga aine võime põhjustada mutatsioone.
Genotoksilisus ja mutageensus on kaks sarnast mõistet, mida inimesed tõlgendavad sageli valesti ja kasutavad omavahel vahetatult. Genotoksilisus on kemikaali või toimeaine tekitatud toksiline toime raku geenidele või DNA-le. Seega on kemikaal, millel on genotoksiline toime, genotoksiin. Seevastu mutageensus on aine võime mutatsioone põhjustada või esile kutsuda. Genotoksiline kemikaal ei ole tingimata mutageenne aine. Need võivad olla mutageenid. Kuid kõik mutageensed ained on genotoksilised, kuna neil on omadus hävitada raku geneetiline materjal.
