Peamine erinevus mükoplasma ja klamüüdia vahel on see, et mükoplasma on bakteriperekond, millel puudub rakusein, klamüüdia on aga bakterite perekond, mis sisaldab gramnegatiivseid ja kohustuslikke parasiite.
Mükoplasmaliigid on kõige väiksemad seni avastatud bakterid, millel on väikseimad genoomid ja minimaalne arv ülitähtsaid organelle. Mükoplasma on ilma seinteta bakterid. Seega pole neil kindlat kuju. Üldiselt on need sfäärilise kujuga rakkudele sfäärilised. Seevastu on klamüüdia bakterite perekond, millel on rakuseinad. Need on gramnegatiivsed bakterid. Nii mükoplasma kui ka klamüüdia põhjustavad sugulisel teel levivaid haigusi. Pealegi tekitavad nad sarnaseid sümptomeid, kuid neid saab ravida erinevate antibiootikumidega.
