Peamine erinevus hnRNA ja mRNA vahel on see, et hnRNA on töötlemata enneaegne mRNA transkript, mis sisaldab introneid, samas kui mRNA on töödeldud RNA, mis ei sisalda introneid.
RNA-d on erinevat tüüpi ning hnRNA ja mRNA on neist kahte tüüpi. Heterogeenne tuuma RNA, tuntud ka kui pre-mRNA, on tuuma sees toodetud primaarse transkripti tüüp. Kui pre-mRNA on tehtud, töödeldakse seda pärast transkriptsiooni funktsionaalseks mRNA-ks, mida saab tõlkida tsütoplasmas olevaks valguks. Seetõttu sünteesitakse hnRNA DNA matriitsist ja see on enne töötlemist äsja moodustatud RNA. mRNA on RNA järjestus, mis kannab geneetilist teavet valgu tootmiseks. See on RNA vorm pärast töötlemist. Veelgi enam, mRNA kannab valgusünteesi jaoks geneetilisi koodoneid tuumas olevast DNA-st ribosoomidesse.
