Peamine erinevus stardikoodoni ja stoppkoodoni vahel on see, et stardikoodon on trinukleotiidijärjestus, mis tähistab valguks muutuva järjestuse algust, stoppkoodon on aga trinukleotiidijärjestus, mis tähistab valguks muutuva järjestuse lõppu.
Geeni geneetiline kood sisaldab konkreetse valgu valmistamiseks vajalikke juhiseid. See sisaldab trinukleotiidjärjestusi, mida tuntakse koodonitena. Iga koodon täpsustab aminohapet. Aminohapped on valgu ehitusmaterjalid. Iga geeni geneetiline kood algab stardikoodoniga ja lõpeb stoppkoodoniga. Seetõttu tähistab algkoodon saiti, kus algab tõlkimine valguks. Stop-koodon tähistab seevastu valgu translatsiooni lõppu. Seetõttu võime need kaks koodonit tuvastada geneetilises koodis kahe kirjavahemärgina. Mõlemad on spetsiifilised trinukleotiidjärjestused.
