Peamine erinevus - sond vs aabits
Molekulaarne sond on väike DNA või RNA fragment, mis tunneb ära DNA või RNA komplementaarsed järjestused ja võimaldab tuvastada sihtjärjestust. Praimer on väike DNA või RNA lõik, mis on lähtepunktiks DNA sünteesil. Praimerid ja sondid hübridiseeruvad matriitsi DNA või märklaud-DNA komplementaarsete nukleotiididega. Peamine erinevus sondi ja praimeri vahel on see, et praimerid on vajalikud DNA replikatsiooniks, samas kui sondid on vajalikud spetsiifiliste järjestuste tuvastamiseks proovi DNA-s.
SISU
1. Ülevaade ja põhierinevus
2. Mis on sond
3. Mis on aabits
4. Kõrvuti võrdlus - sond vs aabits
5. Kokkuvõte
Mis on sond?
Sond on väike DNA või RNA fragment, mida kasutatakse proovis oleva DNA või RNA tuvastamiseks molekulaarse hübridisatsiooni abil. Neid tuntakse ka kui molekulaarseid markereid. Sondi pikkus võib varieeruda (100 kuni 1000 alust) ja sondi nukleotiidid on märklaudjärjestuse osaga komplementaarsed. Avastamise hõlbustamiseks on sondid märgistatud radioaktiivsete isotoopide või fluorestseeruvate värvainete või antikehadega. Sondid seonduvad märklaudjärjestuse komplementaarsete alustega ja paljastavad sihtmärk-DNA või RNA olemasolu proovis. Sondide märgistamiseks on kaks peamist meetodit: lõppmärgistamine ja hüüdnimede tõlkimine. Sondid liigitatakse erinevatesse tüüpidesse, sealhulgas DNA sondid, RNA sondid, cDNa sondid ja sünteetiliste oligonukleotiidide sondid, ja need valmistatakse erinevaid tehnikaid kasutades.
Sondid on olulised vahendid paljudes mikroobi- ja molekulaarsetes valdkondades, nagu viroloogia, kohtuekspertiis, patentsuse testimine, DNA sõrmejälgede võtmine, geneetiliste haiguste tuvastamine, RFLP, molekulaarne tsütogeneetika, kohapealne hübridisatsioon jne.
Joonis 01: Fluorestsentsmärgistatud sond, mida FISH-is kasutatakse patogeeni tuvastamiseks
Mis on aabits?
Praimer on lühike DNA või RNA fragment, mis on DNA sünteesi algataja. DNA polümeraasi ensüüm lisab nukleotiidid praimerjärjestuse 3'OH rühma ja sünteesib matriitsi DNA-ga komplementaarse uue ahela. Praimerid on väga lühikesed fragmendid pikkusega 18 kuni 20 nukleotiidi. Need sünteesitakse laboris keemiliselt in vitro DNA amplifikatsiooniks (PCR). Praimeritel võib olla mis tahes nukleotiidide järjestus, kuna need on kujundatud kasutaja poolt. Need sünteesitakse nii, et need sobiksid DNA matriitsi komplementaarsete alustega. Seetõttu võib sellel olla mis tahes nukleotiidide järjestus. Praimerid on DNA replikatsiooni jaoks ülitähtsad, kuna DNA polümeraas ei suuda sünteesida uut DNA-d ilma eelnevalt eksisteeriva DNA tükita. PCR-i praimerite kujundamisel tuleb arvestada järgmiste asjadega:
- Praimerid peaksid sisaldama amplifitseeriva DNA külgneva otsa komplementaarsed nukleotiidid.
- Praimeri sulamistemperatuur peaks olema 55–65 0 C
- G- ja C-sisaldus peaks olema 50–60%.
Proovi DNA mõlema ahela paljundamiseks kasutatakse PCR-is kahte praimerit nii edasi- kui ka tagasisuunas. Praimereid kasutatakse tavaliselt PCR ja DNA sekveneerimiseks.
Joonis 02: Praimeri lõõmutamine PCR-is
Mis vahe on sondil ja aabitsal?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Sond vs aabits |
|
| Sond on väike fragment DNA / RNA-st, mida kasutatakse sihtjärjestuse olemasolu tuvastamiseks proovis molekulaarse hübridisatsiooni abil. | Primer on väike DNA või RNA lõik, mis on lähtepunktiks DNA replikatsioonil. |
| Funktsioon | |
| See tuvastab konkreetse järjestuse olemasolu DNA või RNA proovis. | See toimib DNA sünteesi lähtepunktina. |
| Pikkus | |
| Pikkus võib olla vahemikus 100 - 1000 alust | Pikkus on tavaliselt umbes 18 - 20 alust |
| Köitmine täiendava järjestusega | |
| Sond hübridiseerub sihtjärjestuse komplementaarsete alustega | Primer anniilib DNA-ahelate komplementaarsete alustega. |
| Märgistamine | |
| Sondid on tuvastamise hõlbustamiseks märgistatud | Praimereid tavaliselt ei märgistata |
| Kasutamine PCR-is | |
| Sonde PCR-is ei kasutata | Praimereid kasutatakse PCR-is |
Kokkuvõte - sond vs aabits
Sond on väike fragment DNA või RNA järjestusest, mida saab hübridiseerida komplementaarsete nukleotiididega, et proovis märkida sihtjärjestus. Sondid märgistatakse radioaktiivselt, immunoloogiliselt või fluorestseeruvalt, et näha sihtmärkjärjestuse olemasolu. Primer on väga väike DNA või RNA fragment, mis toimib in vitro DNA amplifikatsiooni lähtepunktina. DNA polümeraas identifitseerib 3 'OH rühma praimeri ja algatab matriitsiga komplementaarse uue ahela ehitamise. Sondid ja praimerid toimivad sarnaselt, hübridiseerudes komplementaarsete nukleotiididega. Seega on sondi ja praimeri peamine erinevus nende peamine funktsioon.
