Peamine erinevus chaperonide ja chaperoniinide vahel on see, et chaperonid täidavad laia valikut funktsioone, sealhulgas valgu voltimine ja lagundamine, valgu kokkupanekule kaasaaitamine jne, samas kui chaperoniinide põhiülesanne on aidata suurte valgu molekulide voltimisel.
Molekulaarsed chaperonid või chaperonid on valgumolekulid, mis aitavad valke keerukateks struktuurideks voltida. Seetõttu on chaperoniinid teatud tüüpi chaperone, mis hõlmab kuumahoki valke. Kõigist šaperoonitüüpidest on kaperoniinid kõige enam uuritud valgud, kuna neil on oluline roll valkude korrektsel voltimisel. Seetõttu hoiab šaperoonide ja chaperoniinide toime ära valkude pöördumatu agregatsiooni ja võimaldab seeläbi nende funktsionaalsust. Šaperoonid ja chaperoniinid erinevad täpselt kahe molekuli funktsionaalsuse põhjal.
