Peamine erinevus ektomükoriisade ja endomükoriisade vahel on see, et seenehüüfid ei tungi ektomükoriisade taimejuurte ajukoore rakkudesse, seente hüüfid aga endomükoriisade taimejuurte koore rakkudesse.
Mükoriisa on oluline sümbiootiline suhe, mis tekib kõrgemate taimede seente ja juurte vahel. Nii seened kui ka taimed saavad sellest kooslusest kasu. Seenehüüfid tungivad mulda ja toovad taimedele toitaineid, samas kui taimed pakuvad seentele ka eeliseid. Seega on see ökoloogiliselt oluline suhe. Mis kõige tähtsam, seenhaigused võivad kasvada mitu meetrit ja transportida juurtesse vett ja toitaineid, eriti lämmastikku, fosforit, kaaliumi. Pealegi kaitseb mükoriisa kooslus taime juurepatogeenide eest. Seega on toitainepuuduse sümptomeid vähem tõenäoline nendes sümbiootilistes kooslustes olevates taimedes. Mükoriisasid on kahte tüüpi: ektomükoriisad ja endomükoriisad.
