Peamine erinevus patofüsioloogia ja patogeneesi vahel on see, et patofüsioloogia selgitab haigusseisundi ajal tavaliselt täheldatud seisundeid, samuti organismis toimivaid protsesse või mehhanisme, samas kui patogenees selgitab haiguse päritolu ja arengut ning seda, kas haigus on äge, krooniline või korduv.
Patofüsioloogia ja patogenees on kaks sarnast mõistet, mida kasutatakse haiguse esinemise ning sellega seotud mehhanismide ja omaduste selgitamiseks. Patofüsioloogia puudutab haigusseisundi ajal täheldatavaid tingimusi ja organismis toimuvaid protsesse. Patogenees keskendub peamiselt haiguse tekkele ja arengule. Mõlemad uuringud on olulised haiguse diagnoosimisel ja leviku tõkestamisel.
