Kloonimisvektori ja ekspressioonivektori peamine erinevus seisneb selles, et kloonimisvektor kannab peremeesrakku võõra DNA fragmendi, samas kui ekspressioonivektor hõlbustab geenide ekspresseerimist valkudeks.
Vektor on molekulaarbioloogias oluline mõiste. Rekombinantse DNA tehnoloogias on vektori peamine roll pakkuda transpordiviisi peremeesrakku sisestatava kasuliku DNA fraktsiooni juurde. Pealegi on see DNA molekul, mida kasutatakse võõra DNA fragmendi kunstlikuks kandmiseks peremeesrakku ekspresseerimiseks või paljundamiseks. Enamkasutatavad vektorid on plasmiidid, viirusvektorid, kosmiidid ja tehiskromosoomid. Kloonimisvektor ja ekspressioonivektor on kahte tüüpi vektoreid, mis on klassifitseeritud nende rakenduste põhjal.