Peamine erinevus endosümbioosi ja sümbioosi vahel on see, et endosümbioos on teooria, mis kirjeldab, kuidas mitokondrid ja kloroplastid sisenesid eukarüootsetesse rakkudesse, samas kui sümbioos on pikaajaline interaktsioon kahe erineva elusliigi vahel.
Ökosüsteemi organismid suhtlevad üksteisega erineval viisil. Sümbioos on vastastikune toime, mis eksisteerib kahe erineva koos elava liigi vahel. Mõni suhtlus tuleb kasuks mõlemale poolele, samas kui osa jääb neutraalseks. Kuid mõned muud suhtlemised on ühele osapoolele kahjulikud, eriti peremeesorganismile, samas kui teine pool saab kasu peremehe arvelt. Me näeme kõiki seda tüüpi vastastikmõjusid ökosüsteemis. Sellised koostoimed on ökosüsteemi stabiilsuse seisukohalt aga üliolulised. Endosümbioos on seevastu teooria, mis selgitab eukarüootsete rakkude päritolu prokarüootsetest rakkudest.
