Peamine erinevus endosümbioosi ja invaginatsiooni vahel on see, et endosümbioos on teooria, mis selgitab mitokondrite ja kloroplastide päritolu eukarüootse raku sees, samas kui invaginatsioon on protsess, mis selgitab tuuma ja teiste raku organellide päritolu plasmast invaginatsiooni moodustumise kaudu membraan raku sisemusse.
Teadlaste arvates on eukarüootsed rakud arenenud prokarüootsetest rakkudest. Nad on välja töötanud palju teooriaid selle arengu selgitamiseks. Endosümbioos on üks selline teooria, mis selgitab eokarüootsetes rakkudes olevate mitokondrite ja kloroplasti päritolu prokarüootsetest bakteritest. Kui invagineerimine on protsess, mis selgitab tuuma ja teiste eukarüootsetes rakkudes membraaniga seotud organellide päritolu.
