Peamine erinevus protomeeride ja kapsomeeride vahel on see, et protomeerid on oligomeersete valkude struktuuriüksused, samal ajal kui kapsomeerid on üksikud valgud, mis koosnevad protomeeridest, mis on viiruse kapsiidi struktuuriüksused.
Viirus on rakusisene kohustuslik parasiit, mis on nakkav osake. Kapsiid on üks viirusosakese kahest põhikomponendist. See on valgukiht, mis ümbritseb ja kaitseb viiruse genoomi. Kapsiid koosneb protomeeridest, mis on oligomeersete valkude struktuuriüksused. Kapsomeer on viiruse kapsiidi struktuurne allüksus ja see on mitme protomeeri agregatsioon ühikuna. Seega monteeruvad protomeerid kapsomeeri moodustamiseks ja kapsomeerid kapsiidi moodustamiseks.
