Peamine erinevus - Maxam Gilbert vs Sangeri järjestamine
Nukleotiidid on DNA põhilised struktuuriüksused ja ehitusplokid. DNA molekul koosneb polünukleotiidahelast. DNA-s on neli erinevat nukleotiidi. Need nukleotiidid koosnevad neljast erinevast lämmastikualusest, nimega A (adeniin), G (guaniin), C (tsütosiin), T (tümiin). DNA molekuli nukleotiidide järjestusel on suur tähtsus, kuna see kodeerib organismide kasvu ja arengu jaoks olulist geneetilist teavet. DNA järjestamine viitab protsessile, mis määrab kindlaks DNA täpse nukleotiidjärjestuse. DNA järjestamise meetodeid on erinevaid. Maxam Gilberti sekveneerimine ja Sangeri DNA järjestamine on kaks DNA järjestamise meetodit, mis kuuluvad esimese põlvkonna sekveneerimisse. Maxam Gilberti sekveneerimisprotseduur määrab aluse järjestuse, lõhustades keemiliselt 5'-otsaga märgistatud DNA fragmendid eelistatavalt kõigil neljal nukleotiidil ja geelelektroforeesil. Sangeri sekveneerimisprotseduur määrab nukleotiidjärjestuse, sünteesides üheahelalise DNA, kasutades DNA polümeraasi ja dideoksünukleotiide ning geelelektroforeesi. See on peamine erinevus Maxam Gilberti ja Sangeri järjestuse vahel.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on Maxam Gilbert
3. Mis on Sangeri järjestamine
4. Kõrvuti võrdlus - Maxam Gilbert vs Sangeri järjestamine
5. Kokkuvõte
Mis on Maxam Gilberti sekveneerimine?
Maxam Gilberti sekveneerimine, tuntud ka kui keemiline sekveneerimismeetod, on tehnika, mis töötati välja DNA nukleotiidide järjestuse määramiseks. Selle meetodi võtsid kasutusele Walter Gilbert ja Alan Maxam 1976. aastal ja see sai populaarseks, kuna seda saab teostada otse puhastatud DNA-ga. Maxam Gilberti meetod kuulub DNA järjestamise esimesse põlvkonda ja see oli esimene sekveneerimismeetod, mida teadlased laialdaselt kasutasid.
Selle meetodi põhiprintsiip seisneb otsmärgistatud DNA fragmentide piiramises konkreetsetes alustes alusspetsiifiliste kemikaalide ja tingimustega ning märgistatud fragmentide eraldamisega elektroforeesiga, nagu on näidatud joonisel 01. Fragmendid eraldatakse nende suuruse järgi. geel. Kuna fragmendid on märgistatud, saab DNA molekuli järjestuse kergesti järeldada.
Maxam gilberti meetod kasutab DNA spetsiifilistel alustel lõhustamiseks spetsiifilisi kemikaale. Kahte levinud kemikaali nimega dimetüülsulfaat ja hüdrasiin kemikaale kasutatakse vastavalt puriinide ja pürimidiinide selektiivseks rünnakuks.
Maxam Gilberti sekveneerimismeetod viiakse läbi mitmel etapil järgmiselt.
- DNA järjestuse puhastamine restriktsiooni endonukleaaside abil
- DNA fragmentide otste märgistamine radioaktiivsete fosfaatide lisamise teel
- Märgistatud fragmentide puhastamine märgistamata fragmentidest geelelektroforeesiga
- Lõpumärgistatud DNA eraldamine neljaks katseklaasiks ja töötlemine eraldi aluseliste kemikaalidega
- Iga toru sisu elektroforees eraldi joontel geelil ja fragmentide eraldamine vastavalt nende pikkusele.
- Fragmentide tuvastamine autoradiograafiga.
Joonis 01: Maxam Gilberti järjestamine
Mis on Sangeri järjestamine?
Sangeri sekveneerimine on Frederick Sangeri ja tema kolleegide poolt 1977. aastal välja töötatud sekveneerimismeetod antud DNA fragmendi alusjärjestuse määramiseks. Seda tuntakse ka kui ahela lõpetamise järjestust või dideoksü järjestuse määramise meetodit. See meetod töötab ahelaga lõppevate dideoksünukleotiidide (ddNTP) nagu ddGTP, ddCTP, ddATP ja ddTTP selektiivse ühendamise põhimõttel DNA polümeraasi poolt üheahelalise DNA sünteesi käigus ahela moodustumise lõpetamiseks. Dideoksünukleotiididel puuduvad 3'-OH rühmad fosfodiestersidemete moodustamiseks külgneva nukleotiidiga. Seega ahela moodustumine peatub, kui ddNTP viiakse äsja moodustavasse ahelasse sangeri sekveneerimise ajal.
Selles meetodis viiakse läbi neli eraldi DNA sünteesireaktsiooni (PCR) neljas eraldi katseklaasis ühte tüüpi ddNTP-ga. Muud nõuded esitatakse ka PCR-katseklaasidele, sealhulgas praimerid, dNTP-d, Taq-polümeraas, spetsiifilised tingimused jne. Neljas katseklaasis viiakse läbi neli eraldi reaktsiooni nelja seguga. Pärast PCR-reaktsioone denatureeritakse saadud DNA fragmendid ja eraldatakse geelelektroforeesiga. Seejärel visualiseeritakse fragmendid kas märgistatud (radioaktiivse või fluorestseeruva) praimeri või dNTP abil, nagu on näidatud joonisel 02.
Joonis 02: Sangeri järjestamine
Mis vahe on Maxam Gilbertil ja Sangeri järjestamisel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Maxam Gilbert vs Sangeri järjestamine |
|
| Maxam Gilberti sekveneerimine on esimene DNA sekveneerimiseks välja töötatud tehnika. | Sangeri sekveneerimismeetod võeti kasutusele pärast Maxam Gilberti sekveneerimismeetodit. |
| Kasutamine | |
| Seda meetodit kasutatakse harva. | Järjestamiseks kasutatakse tavaliselt Sangeri järjestust. |
| Ohtlike kemikaalide kasutamine | |
| See kasutab ohtlikke kemikaale. | Ohtlike kemikaalide kasutamine on Maxam Gilberti meetodiga võrreldes piiratud. |
| Märgistus tuvastamiseks | |
| Selles meetodis kasutatakse DNA fragmentide otste märgistamiseks radioaktiivset P 32. | Sangeri sekveneerimisel kasutatakse radioaktiivselt või fluorestseeruvalt märgistatud ddNTP-sid. |
Kokkuvõte - Maxam Gilbert vs Sangeri järjestamine
Maxam Gilberti ja Sangeri sekveneerimine on kahte tüüpi DNA järjestamise tehnikaid, mis kuuluvad esimese põlvkonna DNA järjestuse alla. Maxam Gilberti sekveneerimine on esimene meetod DNA sekveneerimiseks, mis võeti kasutusele 1976. aastal, ja see viiakse läbi otsamärgistatud DNA fragmentide lõhustamisega alusspetsiifiliste kemikaalide abil. Seega on see tuntud kui keemiline järjestamine. Sangeri sekveneerimismeetod võeti kasutusele 1977. aastal ja see põhineb ddNTP juhitud ahela lõpetamise reaktsioonidel. Sangeri sekveneerimismeetod, mis on populaarne kui Maxam Gilberti meetod, Maxam Gilberti meetodi mitme puuduse tõttu, nagu liigne ajakulu, ohtlike kemikaalide kasutamine jne. See on erinevus Maxam Gilberti ja Sangeri järjestamise vahel.
