Peamine erinevus - Exome vs RNA järjestamine
Nukleiinhappe sekveneerimine on meetod, mis määrab nukleotiidide järjestuse organismi konkreetses DNA või RNA fragmendis. Järjestuse määramine on oluline raku DNA ja RNA koostise tuvastamiseks ning teatud funktsionaalseid valke kodeerivate geenide eristamiseks; seega saab nende geenide mutatsioonide ja geeniekspressioonide mõistmiseks kasutada sekveneerimist. Sangeri sekveneerimismeetod või arenenumad järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodid on tavaliselt kasutatavad järjestusmeetodid. Exome'i sekveneerimine on organismis esinevate eksonite või DNA kodeerivate piirkondade täieliku komplekteerimine, samas kui RNA järjestamine on ribonukleiinhapete (RNA) sekveneerimisprotseduur. See on peamine erinevus eksoomi ja RNA järjestuse vahel.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on Exome'i järjestamine
3. Mis on RNA järjestamine
4. Exome'i ja RNA järjestuse sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - Exome vs RNA järjestus tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on Exome'i järjestamine?
Exome on genoomi alamhulk, mis koosneb konkreetse organismi kodeerivatest geenidest. Kodeerivaid geene nimetatakse eksoniteks ja need transkribeeritakse mRNA-ks ja seejärel tõlgitakse aminohapete järjestusteks. Transkriptsioonijärgsete modifikatsioonide käigus eemaldab RNA splaissimismehhanism eukarüootides intronid (mittekodeerivad piirkonnad) ja eksonid jäävad alles. Eksoomi järjestamine toimub kahel põhilisel tehnikal: lahusel põhinev ja massiivipõhine.
Lahusel põhineva eksoomi sekveneerimisel fragmenteeritakse DNA proovid kas restriktsiooniensüümide või mehaanilise meetodi abil ja denatureeritakse kuumusega. Selles tehnikas kasutatakse biotinüülitud oligonukleotiidi sonde (sööta), et hübridiseerida selektiivselt genoomi sihtpiirkondadega. Sidumisetapis kasutatakse magnetilisi streptavidiini helmeid. Seondumisele järgneb pesemisetapp, kus seondumata ja mittesihipärased järjestused pestakse. Seondunud märklauad amplifitseeritakse seejärel polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) abil ja seejärel järjestatakse Sangeri sekveneerimise või järgmise põlvkonna sekveneerimise tehnikate abil.
Joonis 01: Exome'i järjestamine
Massiivipõhine meetod sarnaneb ka lahusel põhinevale meetodile, välja arvatud see, et DNA fragmendid seotakse mikromassiividega ning seejärel järgnevad seondumine ja pesemisetapid enne nende järjestamist.
Exome'i sekveneerimist kasutatakse paljudes rakendustes, näiteks haiguste geneetilises diagnoosimises, geeniteraapias, uute geneetiliste markerite tuvastamisel, põllumajanduses erinevate kasulike agronoomiliste omaduste tuvastamiseks ja sordiaretuse protseduurides.
Mis on RNA järjestamine?
RNA järjestamine põhineb transkriptoomil, mis on raku täielikud transkriptid. RNA sekveneerimise põhieesmärgid on kõigi transkripti liikide, sealhulgas mRNA, mittekodeeriva RNA ja väikese RNA kataloogimine, geenide transkriptsioonistruktuuri määramine ja iga transkripti ekspressioonitaseme kvantifitseerimine arengu käigus. RNA sekveneerimise ajal kasutati sekveneerimiseks esialgu hübridisatsioonitehnoloogiaid (mis olid küpsetest mRNA järjestustest saadud komplementaarne DNA). Praegu kasutatakse RNA sekveneerimisel täpsemat ja arenenumat läbivõtte tehnikat.
Joonis 02: RNA järjestamine
RNA järjestamisel muudetakse RNA proov, mis võib olla kogu RNA või fraktsioneeritud RNA, pöördtranskriptsiooni abil selle komplementaarseks DNA-ks (cDNA) ja valmistatakse ette cDNA teek. Iga cDNA fragment kinnitatakse mõlemal küljel olevate adapterite külge (paarisotsade järjestamine) või ühel küljel (üheotsa järjestamine). Need märgistatud järjestused sekveneeritakse Sangeri sekveneerimise või järgmise põlvkonna abil, näiteks eksoomi järjestamine.
Millised on Exome'i ja RNA järjestuse sarnasused?
- Lühidalt valitud fragmente või kogu DNA / RNA komplekti saab kasutada Exome'i või RNA sekveneerimiseks.
- Järjestatud fragmente säilitatakse raamatukogudes.
- Kasutada saab Sangeri järjestust või järgmise põlvkonna järjestust.
- Mõlemad on in vitro sekveneerimismeetodid.
- Järjestatud fragmente saab määrata fluorestsentsmärgiste abil.
Mis vahe on Exome'i ja RNA järjestuse vahel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Exome vs RNA järjestamine |
|
| Exome'i sekveneerimine on organismis esinevate eksonite või DNA kodeerivate piirkondade täieliku komplekteerimine. | RNA järjestamine viitab ribonukleiinhapete (RNA) sekveneerimisprotseduurile; ärakiri. |
| Proovi alustamine | |
| Genoomne DNA on eksoomi sekveneerimise lähteproov. | RNA on RNA sekveneerimise lähteproov. |
| Kompositsioon | |
| See sisaldab ainult kogu DNA kodeerivaid piirkondi, mida nimetatakse eksoniteks | See sisaldab RNA-mRNA / transkriptoomi. |
| Järjestamine | |
| Eksoomi sekveneerimisel on kaks peamist meetodit; lahendustel ja massiividel põhinevad tehnoloogiad. | RNA järjestamine toimub cDNA teegi ettevalmistamise teel, eraldades kogu RNA või fragmenteeritud RNA. |
Kokkuvõte - Exome vs RNA järjestamine
Exome on organismi kodeerivate piirkondade täielik komplekt ja Exome'i täpse nukleotiidijärjestuse määramisel kasutatavad meetodid on tuntud kui eksoomi sekveneerimine. RNA järjestamine on meetod, mis on seotud organismi RNA nukleotiidijärjestuse määramisega. See on erinevus eksoomi ja RNA järjestuse vahel.
Laadige alla Exome vs RNA järjestuse PDF-versioon
Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja kasutada võrguühenduseta eesmärkidel, nagu tsiteeritud. Laadige siit alla PDF-versioon Erinevus Exome'i ja RNA järjestuse vahel
