Peamine erinevus esimese ja teise messenger-süsteemi vahel on see, et esimene messenger-süsteem viitab rakuvälistele signaalimolekulidele, teine messenger-süsteem aga rakusisestele signalisatsioonimolekulidele.
Esimene ja teine sõnumside süsteem koosneb erinevat tüüpi signaalmolekulidest. Esimesed käskjalad on rakuvälised molekulid, sageli hormoonid või neurotransmitterid. Seevastu on teised käskjalad rakusisesed molekulid, mis edastavad signaale rakumembraani retseptoritest rakus olevatesse märklaudadesse. Rakkude signaalimisprotsess algab siis, kui signaalimolekul (ligand) seondub raku retseptoriga. See seondumine muudab retseptori rakusisese domeeni, mis käivitab rakusisesed signaalirajad.
